清朝的六部指的仍然是吏、戶、禮、兵、刑、工六個部。六部在上層結構中人員配置基本相同，各部均設置尚書滿、漢各一員，最初滿尚書爲一品，漢尚書二品，至順治十六年將滿尚書降爲二品，康熙六年又升回一品，九年又降回二品，雍正八年更定滿漢尚書均爲從一品，自此爲定製。尚書下面有左右侍郎，亦滿漢各一員，雍正八年定爲從二品(官品比尚書低一品兩級，變化與尚書同)。六部屬官有堂主事分管清檔房的滿人二員，分管漢本房的滿人二員，漢軍旗一員。此外還有司務廳司務，滿漢各一人，及善本筆帖式若干。
六部除了這些屬官外，還劃分有若干清吏司，分別對各部的不同事務。我接下來分部一一介紹，由此諸位可簡單瞭解清代各部只能之大要。
吏部分爲文選、考功、驗封、稽勳四個司，共設郎中滿人九員，漢人五員，蒙人一員，其中文選司設官最多，機構最爲龐大，考功司次之。其下有員外郎、主事、筆帖式;另有“學習行走者”，額外司員，七品小京官(另五部因其不同職司，亦有其他屬員，爲免文繁，不一一介紹了)。其中文選司最爲重要，掌官員銓選、班秩遷除。自九品十八級以至未入流小吏的遷謫用黜皆屬文選司職能。考功司負責官員考課，包括三年一次的考績和其他的官員考覈，考覈結果立冊記錄，作爲官員的升遷劾免，議罪論功等的依據。稽勳司掌管勳級、名籍、喪養，包括漢官和八旗貴族，掌握了官僚及貴族的福利待遇。驗封司則掌管貴族、土官的封、蔭等事務。六部以吏部爲首，因爲吏部管理帝國的人事工作，權力最大。
戶部有十四個清吏司，按省設置(清初十五省，湖廣省轄今兩湖，江南省轄今江蘇、安徽，陝西省轄今陝、甘。直隸不設清吏司。)，分省掌民賦及其他賦稅(鹽課、鈔關等)，同時掌管八旗廩祿，軍士糧餉。戶部也很重要，掌握財權。
禮部有典制、祠祭、主客、精膳四個清吏司，分別掌管科舉，國家祭祀，與外國的封貢和交聘，以及宴饗，和官員的賜食。
兵部有武選、車駕、職方、武庫四司，分掌武官選授，輿圖管理、關禁、海禁，馬政、驛傳，武器、兵籍以及鄉、會兩級武舉。
刑部分省設十七個司(十八省中，兩湖設一個，陝甘設一個，另多設奉天)，分掌各省刑名。此外，又設督捕清吏司。
曾任吏部尚書的索額圖
工部分營繕、虞衡、都水、屯田四個司，掌握工籍，及各項營造工程，官用器物，河渠水利。值得一提的是屯田指的是修帝王陵寢和王、公、百官墳塋，容易引起誤解，特此說明。
除此之外，清代還有個樂部，爲典樂大臣，沒有人員限制。另外，六部情況十分複雜，我這裏只是簡單介紹，爲避免繁瑣，有些地方失於疏漏，有些僅是典則而與實際情形可能有所出入。
