朱元璋做皇帝治理國家三十一年。公元1398年，他以七十一歲高齡去世後，他意想不到的、自己的兒子與自己的孫子爭奪皇位的慘禍發生了。
朱元璋共有二十六個兒子，長子朱標是皇太子，其他皇子被封爲親王，鎮撫全國各地。如北平(今北京)的燕王、西安的秦王、太原的晉王等，地處邊境，還擁有強大的武裝力量，負有防禦邊疆的責任。
太子朱標最討明太祖喜歡，但在公元1391年病死。朱標的兒子朱允被立爲皇太孫，做皇位繼承人。
但是，明太祖還健在時，朱允的那些手握重兵的叔叔們對侄兒就不太客氣。朱允看得出來，便向師傅黃子澄請教對付的方法。黃子澄給他講了歷史上漢景帝削平藩王的事例，暗示將來可以運用皇帝權威，削弱他們的兵權。朱允記住了這個辦法。
不過，其中潛伏的禍患，明眼人都看得出。有個訓導(學校教官)借談星象變化，上疏明太祖指出，親王們勢力過強，將引發政變，建議及早採取措施，消除隱患。但這一建議觸怒了明太祖，上疏人被關進大獄而死。從此，嚇得沒有人再敢開口。明太祖也不是不知道事情的嚴重性，而是不願過早削弱邊境防衛力量，也不願外人插手他的“家事”。他臨死時，遺詔不許外地親王來京參加葬禮，強調各地官吏必須聽從朝廷的指揮，就有防止變亂的意思，但爲時已晚。
朱允登基後，改元建文，史稱明惠帝。他那些擁兵一方的叔叔們都不樂意他的統治，燕王尤其激烈。
燕王名棣(dì)，是太祖第四個兒子，從小在軍中，又鎮守北平二十多年，身經百戰，既會打仗，兵力又最強大。
朱棣聽到太祖去世，不顧禁令，強行到應天參加葬禮。走到半路，被建文帝派人阻止。
朱棣回到北平，異常憤怒。他一面與各親王串連，對抗朝廷，一面招兵買馬，吸納人才，加緊練兵，壯大他的武裝。
建文帝找到黃子澄，問對付的辦法。黃子澄說：“請陛下放心，照當初我對陛下說的辦就是了。”
黃子澄找大臣齊泰商議。齊泰要直接抓捕燕王。黃子澄說燕王勢力大，不易下手。不如先逮捕其他親王，削弱反抗勢力，再抓他就會容易得多。兩人統一了意見，並徵得建文帝的同意。於是，周王等幾家親王首先被抓了起來。
爲偵察燕王行動，黃子澄又向北平派出了忠於朝廷的高級官員，並調派重兵，加強防範。還在燕王府中安插內應，密切監視。
燕王爲爭取時間，裝起瘋來：滿街亂跑亂叫，搶人家的酒吃，顛三倒四亂說話。又整天昏睡泥地，大熱天裏圍爐烤火。
齊泰不信燕王真瘋。他逮捕了一個燕王府軍官，瞭解到燕王即將起兵造反，立即指派北平最高軍政長官張、謝貴帶重兵圍住燕王府，說是逮捕府中圖謀不軌的官員。同時密令北平都指揮張信逮捕燕王。
然而燕王接到張信告密，決心立即起兵。他假裝答應交出府中密謀造反的官員，將張、謝貴二人引誘到府中殺死，清除了朝廷安置在他府中的內應，立即迅速佔領整個北平，舉起了反叛的大旗。
朱棣宣告，起兵是爲了清除皇帝身邊的奸賊，是“靖難”，也就是平定內亂。這次戰爭，被稱爲“靖難之役”，實質上是叔侄間爭奪皇位的戰爭。
建文帝以朝廷的名義，調派軍隊對叛軍實行征討。朝廷軍隊(南軍)依仗人數衆多，財力豐厚，戰爭的初期，多佔優勢，幾度打到北平城下。但燕軍(北軍)久經戰鬥，戰鬥力強，燕王自己又很會打仗，南軍不但沒有攻下北平，反而多次被打得大敗，損失慘重，北軍開始南下。
建文帝生性優柔寡斷。燕王還未公開造反時，曾到應天朝見，態度傲慢，不肯跪拜。有大臣建議以此爲藉口，將他抓住，遷到江西南昌，將戰爭消滅在沒有爆發之前。建文帝卻說：“我們是至親骨肉，不必追究。”放過了他。開戰後，建文帝又囑咐不要殺死燕王，不要讓自己背上殺害叔父的罪名。這就大大捆綁住官兵的手腳，燕王幾次瀕臨絕境，都因南軍不敢直接傷害他而逃離險境。
雙方在河北、山東、河南、江西、安徽之間來來回回，打了三年，互有勝敗。
公元1402年，戰爭出現了轉折。燕王大軍南下，直撲應天。建文帝所重用的齊泰、黃子澄等人，忠心有餘，韜略不足，此時，朝廷方面力量差不多耗盡，文武官員紛紛外逃，京城守備空虛。建文帝無可奈何，只得撤了齊泰、黃子澄的職，又答應將長江以北劃給燕王，要求停戰。但燕王不肯息兵。
南北軍在安徽鳳陽附近的齊眉山打了一場惡仗。北軍一度堅持不住，想退兵。燕王激勵說：“大決戰的時候到了，諸軍將士許進不許退!違令者斬!”
燕王又派兵襲擊南軍的糧道，徹底打敗了南軍。北軍長驅直入，圍困京城。
南軍大將李景隆打開金川門投降。燕王進城直奔皇宮而去。可是，皇宮已經燃起熊熊烈火。
那火是建文帝放的。有人說，建文帝與他的后妃都跳進火中燒死了;有人說，建文帝在混亂之中換了服裝，逃出了京城。總之，不見了他的蹤跡。
朱棣終於奪得了皇位。第二年，改年號爲永樂。他就是明成祖。
齊泰、黃子澄、方孝儒等大批幫助建文帝的大臣被逮捕，遭殘酷處死，並誅滅九族，鮮血再一次濺灑應天城。
