1645年5月，南京被清軍攻下後，明朝建立的弘光政權徹底坍塌。之後不久，清朝廷統帥豫親王多鐸進入南京後，重行頒佈了“剃髮令”，規定:凡清軍所到之處，限十日之內，盡行剃去前半部頭髮，後半部依滿族習俗，男子削髮垂辮，廢棄明朝衣冠。命令一出，江南各地民衆一片譁然，實難接受。對漢人來說，受孔孟儒家思想兩千多年的影響，“身體髮膚，受之父母，不敢毀傷，孝之始也”，剃髮實在有違傳統倫理，更是對祖宗的侮辱。怎麼能隨隨便便剃掉頭髮?
受此影響，江南各地揭竿而起，開始反抗。反抗的人中，不僅有下層民衆，更有文人蔘與。嘉定這個地方反應最爲強烈，爲了鎮壓江南人民的反抗，清軍制造了一起又一起的慘案，其中在嘉定製造的三次屠殺事件最爲慘烈。
嘉定人並非從一開始就恨清軍，在清軍剛剛攻入嘉定時，他們也曾像那些被佔領的城市一樣，張燈結綵，全城歡慶。然而，清軍“剃髮令”的發佈，觸碰了他們的底線，他們便開始反抗。
1645年6月24日，嘉定各地民衆和官員，在明總兵吳志葵的帶領下，趕走了清縣令張維熙，佔領了嘉定城。曾經的明朝將領，後投降清朝廷的李成棟見狀，大爲恐慌，即刻進行鎮壓。
他集結所能集結到的清軍，在7月3日這天，猛烈攻擊嘉定城。剛開始的時候，他們用炮火猛烈轟擊城牆，想將城牆摧毀，接着，在守城的士兵、鄉民疲憊不堪之時，他們擁至城下，準備找機會進入城內。
炮火轟擊從早上一直進行到傍晚。傍晚時分，天氣突變，狂風夾雜着大雨而來。很快，嘉定城下的護城河便滿了。
猛漲的河水雖然對清軍的攻勢有影響，但那已經被清軍的炮火轟擊得千瘡百孔的城牆，隨時有坍塌的危險。果然，城牆角有處地方在大雨的沖刷下塌了。守城的民衆急忙搬來木頭撐在那裏，以避免城牆完全坍塌，隨即又尋找各種能堵塞缺口的東西。由於風雨的原因，城牆上無法點燈，城門下一片漆黑。守城的民衆根本看不清城下的情況，他們不知道，此時清軍正偷偷靠近城牆，在被雨水浸泡得鬆軟的城牆上鑿洞。
黑夜和狂風暴雨使守城的民衆既聽不到清軍鑿洞的聲音，也看不到人影，根本意識不到危險降臨。
洞鑿好了，清軍開始在洞裏安放炸藥，他們不僅要將城牆炸掉，還要將守城的民衆炸死。
第二天，大雨還在繼續，沒有停的跡象。李成棟下令點燃埋在城門洞中的炸藥，頓時，隨着轟隆隆的巨響，城牆倒了，飛石亂濺，屍體橫飛。見城門被炸出巨洞，李成棟一聲令下，早已準備好的騎兵呼嘯着從洞口穿過，衝入城內，失去最後一道防線的嘉定人，沒有了還手之力。
騎兵做先鋒，步兵緊跟其後，清軍來勢洶洶。一番掙扎後，這場戰爭的嘉定指揮官侯峒曾見無力迴天，投河自盡，而那抗清的組織者張錫眉等人也紛紛悲憤自殺。雖然他們死了，但李成棟依然不解恨，他令人將侯峒曾的屍體找到，將其頭砍下泄憤。還有兩位守城指揮黃淳耀、黃淵耀最終也悲壯獻身。
在清軍炸破城，涌向城內時，黃淳耀正在城中一寺廟裏祈求神靈保佑，當其弟黃淵耀跑來告訴他清軍進了城後，黃淳耀表現得很平靜，在與弟弟整理好儀容，又在牆壁上題下“嗚呼!進不能宣力王朝，退不能潔身自隱，讀書寡益，學道無成，耿耿不寐，此心而已”後，便和弟弟一起在寺廟裏上吊自殺了。 而那在南門守城的張錫眉得知城破後，與愛妾一起投河身亡。投河前，他留下了一首絕命詩:
我生不辰，僑居茲裏。
路遠宗親，邈隔同氣。
與城存亡，死亦爲義。
後之君子，不我遐棄。
和張錫眉一樣投河的還有守城的董用圓、董用廣兩兄弟。發誓與城門共存亡的兩兄弟，在城破後，禁不住抱頭痛哭，在吼出“我祖父清白自矢，已歷三世。今日苟且圖存，何面目見祖宗於地下”後，也雙雙投河身亡。
除了這些組織者情願死也不屈服外，還有一些不願投降的仁人志士，他們或選擇單獨自殺，或選擇全家一起就義……
城攻破了，組織者也死了，李成棟以爲自己已經成功鎮壓起義者。沒承想，在他帶着人馬撤出嘉定後不久，那些原本四散逃亡的民衆又回到了他們的家園，並再次聚集起來。與此同時，反清人士朱瑛也率衆進入嘉定，與那些聚集起來的民衆會合，嘉定再次回到了反清民衆手裏。
李成棟得知後，又派遣部將徐元吉去嘉定鎮壓。“寧可錯殺一千，不可放過一人”，清軍找不到組織者，就不問青紅皁白，開始屠城。僅僅3天，從西關到葛隆鎮的那條河裏便漂滿了屍體，聞者無不落淚。
即使如此，還是有人前赴後繼反清。不久，吳之蕃，這位嘉定綠營把總又舉竿起義，同樣被鎮壓，嘉定同樣又遭屠城。
從6月到8月，在短短2個月時間裏，嘉定人民的自發反清起義次數就達到了10餘次，先後有10餘萬人參加，後被殺害的人不計其數。
這三次屠殺事件，在歷史上被稱爲“嘉定三屠”。
