慈禧將光緒帝囚禁在西苑的瀛臺上，它四面環水，實爲一小島，唯一通向陸地的通道是北部的木橋。光緒被軟禁後，服侍光緒的太監，名爲服侍實爲"管教"。據說某年冬天，南海水面已經結冰，一日光緒帝微服出行，孰知剛走不遠，便被守門人發現，即被"跪阻"。慈禧太后得知此消息後，居然命人將冰鑿開，以防其逃走。
雖然慈禧已經將光緒帝變爲囚徒，但她依然心存隱憂。畢竟自己垂垂老矣，而光緒帝只是幾近而立，一旦自己百年，光緒帝就可以名副其實地成爲大清皇帝。因此，她有了廢掉光緒帝的計劃。
首先，折殺光緒帝在大臣面前的威嚴。慈禧指揮鎮壓了變法運動以後，多次組織大臣圍攻、訓斥光緒帝，爲光緒帝羅織罪名。《清廷戊戌朝變記》中較爲詳細地記載了政變當天光緒帝被圍攻和慘遭訓斥的場面。
其次，大肆製造皇帝患病的聲勢。這讓朝野上下極爲震動，光緒帝四月份還在雷厲風行地主持變法，此間未曾聽說身體不適，緣何慈禧在鎮壓變法的同時突然昭示天下：皇上已患有重病，連太醫都不可醫治。
另外，選擇宗室近支之子立同治帝爲嗣。
光緒帝患"重病"以及立溥儀爲大阿哥的消息傳出後，朝野上下議論紛紛，慈禧企圖廢帝的陰謀也隨之被人看穿。首先，國內工商界人士聯名致電慈禧反對罷黜光緒。慈禧決定"立端王載漪之子溥儀爲大阿哥"的諭旨頒發以後，上海於次日下午獲悉，一時人聲鼎沸，上海的電報總辦經元善聯合上海紳商市民1200餘人，立志諫阻慈禧廢黜光緒帝的企圖與行爲，力求保皇。此舉在全國各地得到了響應，給慈禧施加了巨大的社會輿論壓力。
其次，各在華列強反對強烈。變法失敗以後，以慈禧爲首的頑固派迅速壯大勢力，全面控制了朝局。出於維護在華利益的需要，在華列強認爲，支持光緒帝建立一個較爲開明的政府對自己在華利益更爲有利。他們一再要求覲見光緒帝，力圖摸清光緒帝病情的真僞。
在光緒二十四年九月初四這天，一位名叫多德福的法國使館醫生，提着自己的藥箱，走進了紫禁城皇宮大門，此行非比尋常，他不僅僅以西方醫學之代表的身份來爲清廷皇帝檢查身體，更代表了在華列強對當時的清廷應由誰來主政的意願。不過，這樣的行爲也是不合常理，史無前例的。
多德福診病的結果是光緒帝病情無大礙，唯患血虛之病。自此，慈禧感受到了列強的強硬態度不能不有所顧忌。於是，暫且收斂了廢帝活動，有生之年慈禧沒有廢黜光緒帝，多半是出自於她對列強在華勢力的無奈。
1908年11月14日光緒帝駕崩，年僅38歲。比慈禧早一天去世。
百年以後，專家對清西陵進行清理，發現了光緒的頭髮，進行鑑定以後，得出了一個重大的結論，即光緒頭髮裏砒霜含量比常人高達2000多倍，充分證明了光緒不是非正常死亡，而是死於毒殺。
兇手不言而喻，就是她。
