巴基斯坦在1947年8月14日宣佈獨立，印度則在1947年8月15日宣佈獨立。真納成爲巴基斯坦總督，賈瓦哈拉爾·尼赫魯則成爲新生獨立印度的總理。然而，實現獨立的過程，以及獨立後兩國的歷史都並不平坦。許多宗教移民在來到印度或巴基斯坦之後都面臨融入當地社會的困難。不同宗教教徒之間的衝突和種族清洗仍有發生。
印度的印度教徒及錫克教徒難民，以及逃往巴基斯坦的伊斯蘭教徒難民大多集中在德里、孟買、加爾各答、卡拉奇、拉合爾、達卡等兩國的大都市。在這些大都市因此產生了巨大的貧民窟，兩國產生了巨大的都市貧困階級，成爲社會的不穩定因素。
印度教徒和伊斯蘭教徒之間的互不信任，可說是對提倡兩者之間融合的甘地的一個反彈。民族義勇團等印度民族主義者認爲甘地對伊斯蘭教徒和巴基斯坦太過讓步。終於在1948年1月30日，甘地被狂熱的印度民族主義者在德里暗殺，提倡非暴力的甘地因而自己也在暴力中犧牲。
許多土邦在當時印度副總理薩達爾·瓦拉巴伊·帕特爾的巧妙交涉下決定歸屬印度，然而查謨-克什米爾土邦的歸屬問題卻引發了第一次印巴戰爭，兩國在之後仍爆發過多次印巴戰爭。巴基斯坦的領土被分爲東西兩部分，國家狀況並不安定。這種狀況一直持續到孟加拉獨立戰爭和第三次印巴戰爭，東巴基斯坦獨立爲孟加拉國。1974年，印度進行了核試驗。巴基斯坦也與其對抗在1998年進行了核試驗。兩國的對立不僅是南亞地區，也是世界性國際政治的不穩定因素。
