西西里的消息傳到了雅典，自然引起巨大的恐慌。雅典人知道，大批喪失的從軍人員是無法彌補的;他們也爲國庫的金錢和船塢裏的船艦及配備船艦的海員不足而深深地憂慮。他們更擔心：西西里的敵人馬上會來進攻他們的港口，本土的敵人也將加倍地努力攻擊他們。但是他們沒有屈服，決定從任何可能的地方取得木材，再裝備一支艦隊，於是繼續籌款，並採取節約和改良的政策治國，同時注意防止盟邦叛變。
形勢對雅典極爲不利。斯巴達人認爲，雅典勢力被推翻之日，就是他們在整個希臘稱雄之時。他們要全力以赴將戰爭進行到底。斯巴達王阿基斯在冬季裏就出發，派人向盟國籌款以建海軍，要求各盟國建造船艦，總共要達到100條。當年冬季，希臘世界許多城邦都起來反抗雅典。它們知道，要是雅典在西西里獲勝，它們就是雅典進攻的下一個目標;現在，它們認爲戰爭很快就會結束，它們要分享勝利的光榮。優卑亞首先準備叛離雅典，列斯堡、開俄斯和厄立特利亞等邦也緊跟其後，準備暴動。
雅典人看到了危險。他們知道其餘的盟國也不會安靜。在開俄斯叛變的消息傳到雅典後，雅典人真是恐慌極了。他們決定動用國庫的1000塔蘭特特別款，裝備大量戰艦。
亞西比得又幫助斯巴達人到小亞策動米利都叛變，並與波斯人一而再、再而三地訂立條約，規定對雅典人的戰爭應由波斯國王、斯巴達人和他們的同盟者聯合進行。
雅典首先傾全力鎮壓了開俄斯暴動，從海上封鎖開俄斯島，併到其陸上劫掠鄉村。羅得人也叛離了雅典。雅典人不得不派遣艦隊去對其進行戰爭。
這時，斯巴達人早已懷疑亞西比得，並要處死他。他在驚慌之中跑到了波斯的沿海地區，以替斯巴達籌款造船爲名，在波斯小亞總督替薩斐尼那裏避難。他作了替薩斐尼的顧問，盡力破壞伯羅奔尼撤人的事業，又勸替薩斐尼不要着急結束戰爭。他建議：讓希臘人彼此互相摧殘，以坐收漁翁之利，首先使雙方疲憊，接着，在儘量地削弱雅典以後，馬上把伯羅奔尼撒人逐出國外。替薩斐尼欣然採納了他的意見。
公元前411年，雅典發生了寡頭政變，民主政治被推翻。雅典的弱點進一步暴露出來了。當時，在薩莫斯的雅典人拒絕承認政變當局。亞西比得藉此進行了煽動，致使那裏的雅典人特別是雅典艦隊的領導者相信了他的話。於是，他們決定把他召回部隊，並選爲將軍。事實上，這是亞西比得利用雅典人來威脅替薩斐尼，又利用後者威脅前者。這樣一來，在米利都的伯羅奔尼撒人也就更加痛恨替薩斐尼。埋怨他不但不帶船艦給他們，而且付給他們的薪水既不準時，又不足額，以此來破壞他們的海軍。
在薩莫斯的雅典人已集結了108條船舶，希望早日決戰。但是伯羅奔尼撒人覺得自己現有的力量尚不足以同雅典人較量。不久，優卑亞人叛變的消息傳到了雅典，雅典人可真是內外交困了。他們召集會議，結束了寡頭政治，恢復了民主政治。他們也表決贊成召回亞西比得和其他被放逐者。接着，發生了一次對雅典人非常有意義的海戰。那是在赫勒斯滂海峽，雅典人以縱隊隊形，沿着海岸線向塞斯都斯航行。伯羅奔撒人看到他們過來了，便從阿比都斯出來迎戰。雅典人帶着76條船，伯羅奔尼撒人有86條船。伯羅奔尼撒人計劃先發制人，用自己的左翼包圍雅典人的右翼，以便截斷雅典人逃入公海的通路。雅典人看穿了敵人的用意，他們把自己的右翼延長，使之超過了敵人的左翼。這時，雅典人的左翼也繞過了塞諾西馬地角。可是在調動時，他們沒有保持好秩序，使中軍的力量相對薄弱了。伯羅奔尼撒人立即攻擊雅典人的中軍，把他們逼到岸邊，又展開追擊。在這條戰線，伯羅奔尼撤人進展順利，他們以爲自己已經獲勝，便分散追逐個別的船隻，致使自己的隊形開始混亂。雅典人立即停止延長他們的陣線，馬上回轉來攻擊向他們衝來的敵艦，趁着敵人分散和混亂的機會進行阻擊。大部分敵艦不戰而逃。伯羅奔尼撒人完全被打垮了。勝利的消息傳到國內，彷彿給雅典人注射了強心劑。他們又精神振作起來，相信敵人在海上沒什麼了不起，只要儘量努力，就可能得到最後的勝利。第2年，在基齊庫斯，雅典人又一次重創了斯巴達海軍。他們重新控制了色雷斯沿海地區及通往黑海的航道。
公元前408年以後
波斯王子居魯士出任小亞總督，斯巴達任命萊山德擔任海軍統帥。萊山德親赴薩爾迪，面見居魯士，討得他的歡心，得到了1萬大流克的資助。萊山德用居魯士的錢，提高服役水手的薪金，把許多水手從雅典人的艦隊拉到了自己這邊來，於是使雅典人再度陷入困境。
公元前406年春
萊山德利用亞西比得不在軍中，而代替他臨時指揮的將軍麻痹輕敵之機，在諾提昂海角打了一個勝仗，使雅典人丟失了15條戰船。這次不大的勝利，在政治上卻產生了極大的影響。雅典人再也不相信亞西比得了，他被罷官並從此離開了雅典。勝利使萊山德的威信大增，也鼓舞了斯巴達的盟友，促使不少盟邦脫離雅典。但是不久之後，萊山德便因任期屆滿而卸職了。接任萊山德的卡利克拉提達斯，主動向駐在薩莫斯的雅典艦隊進攻，造成了雅典人30條戰船葬身大海。他乘勝又將雅典艦隊圍在列斯堡。雅典人以非常速度裝備了110只戰艦，同盟邦的40只戰艦一起，風風火火趕赴列斯堡。公元前406年，雅典人在阿爾吉努薩伊羣島附近，大敗斯巴達艦隊，使其損失了70只戰艦。卡利克拉提達斯陣亡。雅典人又可以在海上稱雄了。但是，在此次海戰中，由於追擊斯巴達的需要與風浪，雅典艦隊未能全力搶救落水的雅典士兵，導致大量人員溺水死亡，這被雅典人視爲嚴重失職。在個別人煽動下，雅典公民議會判處8名將軍死刑，除兩名逃跑之外，其餘6名將軍均被處死，包括伯利克里的兒子。這一衝動下的舉動使雅典失去了全部富有經驗的將領，給雅典埋下了失敗的種子。
阿爾吉努薩伊海戰的消息，使那些背離了雅典的國家如雷轟頂，他們害怕雅典人的報復。斯巴達的失敗，也令它的同盟者們驚恐不安。他們派人去斯巴達，要求讓萊山德來指揮斯巴達海軍。波斯王子居魯士也表示支持萊山德再次出山。依據斯巴達的法律，一個人不能兩度擔任海軍統帥。斯巴達人便讓萊山德擔任海軍統帥助理，而掌握實際指揮權。萊山德重新披掛出征，得到了居魯士的全力傾囊相助。居魯士不但把自己所有的現金都交給了萊山德，而且允許他動用自己轄區的稅收和貢款，甚至說，在必要時可以切割他那金銀包裹的寶座。
公元前405年夏末
萊山德得到情報，獲悉雅典人在赫勒斯滂海峽沿岸沒有設防。他立即帶領全軍從海上包圍並攻佔了支持雅典的拉姆普薩科斯城。雅典人聞訊派出一隻擁有180艘戰船的大艦隊，火速奔向與拉姆普薩科斯隔岸相對的羊河口。萊山德以逸待勞，靜候雅典人到來，雅典人到達羊河口後，見到敵人已經佈置好了海軍和陸軍的陣式，沒有貿然行事。雅典人將艦隊開到敵人陣前，大喊大叫。向敵人挑戰，希望他們能起錨應戰。可是萊山德命令他的士兵們保持鎮靜，不許出擊。雅典人只好回到羊河口登陸休息。一連4天，雅典人天天挑戰，萊山德就是按兵不動。雅典人漸漸滋長了麻痹輕敵的心理，士氣也受到影響。第5天，雅典人依然挑戰如初，喊叫之後無人理睬，便駛回駐地。萊山德派出的偵察船跟蹤而來，一見雅典人離船上了陸地，就立刻回返並在船頭舉起一個發光的盾牌，示意大軍可以進攻了。萊山德馬上命令所有艦隻，全速衝向敵人的駐地。雅典將軍科農最先發現了急駛而來的敵艦，他趕緊命令士兵立即登船。可是，雅典人作夢也沒有想到敵人會在這個時候來進攻，慌忙之中，怎麼能應付突發事件。許多船上空無一人，在船上的人也不知所措。斯巴達人沒費多大氣力，把空船或者拖走，或者弄壞，龐大的雅典艦隊，傾刻間瓦解，只有9艘船倖免。斯巴達人上岸，繼續追擊雅典人。3000名雅典人被俘並被處死。斯巴達人獲得了決定性的勝利。羊河口之戰，徹底摧毀了雅典的海上優勢，奠定了斯巴達人最終勝利的基礎。此後，除了薩莫斯，雅典的盟友紛紛棄之而去。通往黑海的道路也隨着而落入斯巴達人之手。萊山德接連發動攻勢，把各地的雅典人驅趕回雅典城，然後對雅典進行海陸包圍。長達數月的圍困，使不堪飢餓之苦的雅典人終於乞降。科林斯人和底比斯人主張消滅雅典人。斯巴達人不願因此而致科林斯等邦勢力過大，他們需要利用雅典的力量來平衡科林斯、麥加拉等邦的實力。他們指出，雅典人在希臘人最危險的時刻曾立過大功，不宜處之過甚。結果，根據斯巴達人提出的條件，雅典人答應毀掉雅典城至港口的長城;交出全部艦隊，只保留12條擔任警戒的船隻;恢復被流放者的地位;服從斯巴達人的領導。公元前404年4月，和約簽定，伯羅奔尼撒戰爭結束。
