公元1368年初，明朝正式建立，中國古代歷史進入了新的階段。同年8月明軍一舉攻克大都，元順帝帶領元朝殘餘勢力慌忙北逃，元朝在中原的統治也隨之土崩瓦解。但是元朝北撤後明朝沒有能夠徹底將其擊潰，元朝殘部在隨後兩百多年的歷史中與明朝分庭抗禮，展開對峙，並且爆發可多次戰爭。
元朝殘部與明朝分庭抗禮
在元朝朝廷退守漠北後，依然以“元”爲國號，歷史上稱爲“北元”，但是明朝不承認其與元朝的繼承性。在明朝軍隊攻佔大都的當年(1368年)冬天，元朝皇帝就派出軍隊試圖將其奪回，但是被明朝將領徐達擊潰，損兵折將數萬，不得不撤退。第二年又發動了數次進攻，也全部被明軍擊退。元朝殘餘勢力屢次南下進攻，力圖恢復元朝在全國統治的軍事行動讓明朝深感不安。爲了消除這一威脅，明軍先後發動了數次進攻。1371年，明朝派出15萬兵力向北元發動進攻，但是被元軍擊退，損失了數萬人。隨後明朝又對其發動了多次進攻，皆以失敗告終，沒能擊垮元朝殘部,隨後不得不與其展開對峙。所以嚴格來說上中國歷史在整個明朝時期是處於分裂狀態的。
北元貴族
明朝數次軍事行動雖然沒有打垮元朝殘餘勢力，然而卻造成了北元的分裂，北元在明朝中期分裂爲數個部分。但是由於明朝中後期政治腐敗，國力下降，所以分裂的北元朝殘部對大明王朝的威脅程度不降反升。明正統十四年，明朝皇帝英宗親征北元，但是號稱四十萬的明軍被瓦剌大軍全殲，關鍵是皇帝被俘，幾乎打掉了明朝半條命，是明朝由盛轉衰的重要節點。隨後其軍隊甚至打到了北京城下，還好被明朝軍隊擊退。
土木堡之變後瓦剌打到北京城下
明朝後期後金崛起，後金對分裂的北元各部發動了數次進攻，其中一部分歸附後金。後金改國號爲清後，皇太極於1632年親率數萬大軍西征，經過兩年激戰，徹底消滅了北元殘餘部落。至此從宋末建立起的元朝才被徹底消滅。
