討論這個問題，必然離不開田餘慶的《東晉門閥政治》一書。如果要簡單總結一下田先生的觀點，那關鍵還是要落在“門閥”二字上。自古朝代更替，軍事力量都是非常重要的因素。所謂“槍桿子裏出政權”，從來都是真理。然而東晉歷史的特殊之處在於，軍事力量是依附於政治力量存在的。而門閥政治的特點，就是皇權與門閥既合作又對立，而門閥之間也是既合作又對立。在這種多方博弈下，一直無法產生能夠完全壓倒其他勢力的一方，所以改朝換代也就無從談起。王導晚年曾感嘆：“人言我憒憒，後人當思此憒憒”。意思就是在當時的政治格局下，“糊塗”是必要的。糊塗的目的無非就是妥協，妥協的目的則是爲了維持皇室與門閥以及門閥與門閥之間的政治平衡。
王導之後的桓溫依靠在長江上游的長期經營和幾次北伐，成功聚集了足以顛覆政權的軍事力量。桓溫行廢立之事，在政治上將晉簡文帝置於周赧王、漢獻帝的地位，甚至主動求賜九錫。從種種跡象上看，他已經非常接近奪取司馬家天下了，然而他最終還是沒能邁出這決定性的一步。田餘慶認爲這是因爲桓溫第三次北伐敗於枋頭“望實俱損”，導致位於東晉中樞的琅琊王氏和陳郡謝氏兩族可以僅憑政治力量壓制桓溫的軍事優勢。從深層次看，這正是由於桓溫的軍事優勢必須建立在一定的政治優勢之上，否則在謀求禪代這種關鍵問題上，其麾下的軍事勢力未必會絕對支持他。
東晉的軍事勢力獨立於政治勢力，或者說獨立於門閥政治，始於北府的創立和興起。然而這是一個極其漫長的過程。北府及其前身在初期依附於郗鑑、謝玄等門閥政治勢力，雖然戰鬥力強大，但本身不能左右江左政局。到謝玄死後門閥士族的軍事人才逐漸凋零，北府開始作爲一支獨立的政治力量嶄露頭角，但作爲其領導的劉牢之等次等士族並沒能適應這種變化。劉牢之在東晉末期的政治鬥爭中因缺少明確的目標而反覆不定，最終失去一切政治籌碼而自殺，標誌着北府中最後一股與門閥政治有牽連的勢力的覆滅。了結百年來虛弱不堪的司馬朝廷並重塑皇權的歷史任務，最終落在了以劉裕爲代表的出身寒族的北府將領身上。
