關於努爾哈赤的姓氏，文獻記載，稗官野史，雜說紛紜，莫衷一是，成爲一團難解的歷史之謎。據文獻記載就有七種說法：認爲努爾哈赤姓佟、童、仝、崔、雀、覺羅、愛新覺羅。
清太祖努爾哈赤姓什麼?正史和民間有諸多說法，這給清太祖蒙上了一層神祕的面紗。據文獻記載就有七種說法：伶、童、仝、崔、雀、覺羅、愛新覺羅。
滿學專家閻崇年教授考證大量史學資料，試解努爾哈赤姓氏之謎。他認爲努爾哈赤的姓氏之所以雜說紛紜的原因，在於滿洲開始沒有文字，沒能留下原始的滿洲文獻記載;此外，清朝編修《明史》，凡是對清朝皇室祖先不利的史實或被刪除、或被篡改，使得史書中缺少記載。而《清太祖實錄》則編一些奇異的神話，來隱瞞歷史的真相。
據《清太祖實錄》開篇中稱：努爾哈赤姓愛新覺羅，並託之神意，公然宣稱“受姓於天”。這其中還有一個美麗的傳說，三位仙女自天而降，來到布爾瑚湖。湖泊景色秀美，湖水澄碧，清波盪漾，四周林木蔥鬱，百鳥婉轉鳴唱，美景使三姐妹忘情，於是脫衣於地中。許久，三姐妹浴畢上岸。這時，一隻神鵲飛來，盤旋在三姐妹的頭上，輕盈可愛。三姐妹頻頻擡頭觀望。突然，神鵲將口中一顆紅色的果子丟在三妹佛庫倫的衣服上，紅果色澤豔麗，鮮嫩散香，佛庫倫愛不釋手，放到地上恐其污穢，捧到手裏無法穿衣，於是，她便含到了口裏。不料，紅果剛剛放到口中，竟順勢滑到腹內。頓時，佛庫倫感到腹部沉重，不知過了多久，佛庫倫生下一個男孩。孩子落地能言，身高體壯。十幾個春秋過後，即長成一個相貌英俊、舉止非凡的奇男子。佛庫倫給兒子講述了這段離奇的身世，命其以愛新覺羅爲姓，名布庫裏雍順。
布庫裏雍順也就是清朝皇帝的祖先，自《清太祖實錄》之後，官修的《會典》、《宗譜》、《通志》等，凡屬清代的官書，以及來自努爾哈赤及其後裔一方的記載，都衆口一詞地肯定：自己是姓“愛新覺羅”的。
但是對照來自於明朝、朝鮮的官私書籍，則明明白白地寫着清太祖努爾哈赤姓佟，比如《明神宗實錄》萬曆十七年(1589)九月記載：“以建州夷酋佟奴爾哈赤爲都督僉事。”陳建輯、沈國元訂《皇明從信錄》記載：“奴爾哈赤佟姓，故建州枝部也。”而且朝鮮文獻也留下了這樣的記載。申忠一的《建州紀程圖記》中載：萬曆二十四年(1596)正月，努爾哈赤向朝鮮國王回帖：“女真國建州衛管束夷人之主佟奴爾哈赤稟”等等。努爾哈赤自稱姓佟。朝鮮南部主簿申忠一到達佛阿拉時，受到過努爾哈赤的接見，並在那裏住了一段時間。他回國後將見聞寫成《申忠一書啓及圖錄》即《建州紀程圖記》，因此資料相當可信;而上面所講的《回帖》正是努爾哈赤本人讓他轉給朝鮮國王的。既然是努爾哈赤親自審閱過的正式公文，應當算是第一手資料。不過，應該引起注意的是，朝鮮文獻更多的是把“佟”寫作“童”。
近年來出版的《清肇祖傳》對努爾哈赤先世家族的事蹟進行了研討。該研究成果認爲：努爾哈赤的先世出自建州女真，明朝設建州左衛安置他們。努爾哈赤先世家族譜牒，主要是以八世祖範嗏爲核心而形成的童氏三家族的譜系與事蹟。該書認爲努爾哈赤八世祖範嗏，姓夾溫氏，漢姓爲童。夾溫就是金代的夾谷，《金史·國語解》：“夾谷[漢姓]曰仝。”仝爲同的古體字，姓氏往往寫作童或佟。後世努爾哈赤承此姓，初爲佟，後改姓愛新覺羅。愛新，滿語爲aisin，金也，此“金”據著名清史學家孟森考證即是“加溫”的合音。夾溫是金代胡裏改路貴戚姓氏的沿襲，胡裏改路沿所在牡丹江口，努爾哈赤的先世在金代居住在牡丹江口時，可能是貴戚，所以授賜夾谷氏。
根據閻崇年的說法，伶姓或童姓，不但是遼東的顯著大姓，也是當時女真人的普遍姓氏。誰做了部落的酋長，誰與明朝發生關係，這人便以佟或童爲姓。
除了以上“愛新覺羅”、“童”、“佟”、“仝”等幾種說法外，閻崇年認爲，朝鮮方面還有一種“雀”、“崔”說。這兩個姓氏則來源於仙女吞服神鵲(雀)留下的果子，而生下清朝皇帝祖先布庫裏雍順的神話。而認爲努爾哈赤姓“崔”是由於朝鮮語中，崔的發音介乎於漢語缺和吹之間，與“覺羅”中“覺”字音相近，於是懷疑崔姓可能是來源於“覺羅”的誤讀。
那麼覺羅說的立論根據是什麼呢?專家指出，早在金代女真人中就有交魯氏。交魯，即覺羅。女真人每遷至新地常在原來姓氏上加個新地名而成新的姓氏。覺羅氏居愛新水(牡丹江)者，稱愛新覺羅氏。此外，研究表明“覺羅”姓同“肅慎，稷慎，息慎，女真”等族稱和“哈拉”(姓)具有同源關係，它們都來源於“箭" kuru以及它的派生形式。著名滿學專家金啓孮先生在《愛新覺羅姓氏之謎》一文中在批駁了愛新覺羅姓氏是趙宗後裔之說的同時，也明確地指出：“愛新覺羅、伊爾根覺羅、西林覺羅、舒舒覺羅、通顏覺羅、阿哈覺羅等覺羅氏，實即金代的交魯氏。”
《清朝通志·氏族略》裏記載愛新覺羅是國姓，愛新是金的意思。其他的覺羅則冠以地名、部名、民名等，與國姓相區別，以表示它們和愛新覺羅是有所分別的。在《八旗滿洲氏族通譜》裏，記載有八種覺羅，伊爾根覺羅、舒舒覺羅、西林覺羅、通顏覺羅、阿顏覺羅、呼倫覺羅、阿哈覺羅、察喇覺羅。可見“覺羅”是滿洲皇室舊有的姓氏，“愛新”是後來加添的，其目的在於顯示帝王后裔的尊貴。
既然“愛新”有“金”的意思，一些學者就認爲努爾哈赤的真實姓氏是金，猛哥帖木兒是努爾哈赤的六世祖，有史料記載他姓金，所以，猛哥帖木兒及其後裔努爾哈赤都姓金，也就是姓愛新。“定姓爲‘愛新覺羅’的目的無非一個，就是附會自己是前朝金代的皇族後裔，以此來說明自己家族血統的高貴，藉此標榜自己的祖先來歷不凡。”
正如閻崇年所說的：伶姓畢竟是漢人的姓氏，在和明朝官方文書往來時方便些，但是金姓卻是金朝女真的國號，不但可以自顯是帝王種族的後裔，而且可以憑藉着它在女真民族中有所號召。因此，“愛新覺羅”這個姓就有其產生的原因和形成的過程了。
清太祖努爾哈赤的姓氏——愛新覺羅，由於沒有找到直接的史料依據，而是學者根據史料推論，所以其演變過程至今仍是一個歷史之謎。
