1831年12月是貝格爾號第二起航，菲茨·羅伊艦長要爲測量大地島的南岸去作一次旅行，然後要訪問南海中的許多島嶼，再經印度羣島返航。歷時五年，從英格蘭出發，穿越北大西洋到達南美洲，沿着南美洲的西岸航行，繞過南美洲的合恩島後後進入南太平洋，再沿着南美洲的南岸航行，然後駛向加拉帕戈斯島，之後再向南半球出發，到達澳洲的悉尼，沿着澳洲的南岸行駛到達霍巴特(澳大利亞塔斯馬尼亞島東南岸港市)，繞過澳洲後進入印度洋，繞道非洲的好望角進入北大西洋回英國。偉大的生物學家，進化論的創始人達爾文乘此船進行科學考察。
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貝格爾號上有兩個尉官：季·韋克姆和布·謝利萬，一名醫生，十名軍官，一名水手長，四十二名水兵 和八名少年見習水手。此外，艦上還應有一名博物學家(查理·達爾文)，其次還有一個專門看管儀表、天文鐘和其他儀器的人，一名美術家和一名繪圖員埃爾德，一名曾去過火地島的傳教士和三名火地島人。
這次探險的任務之一是研究和詳細勘察南美洲的東西兩岸。但是政治和經濟任務則是這次航行的基本原因。當時的英 國，力求奪取南美洲的市場，力求促使英國的資本滲透到這個洲的各個國家的經濟中去。因此，這次探險的所謂科學目的，只是英國用來掩蓋自己在南美洲進行擴張的一個最方便的藉口而已。
貝格爾號於1831年12月27日揚帆起航，繞地球一圈，於1836年10月2日回到英國。達爾文沿途考察地質、植物和動物，採集了無數標本運回英國，還未回國就已在科學界出了名。這5年的見識，讓達爾文從一名正統的基督徒變成了無神論者，不可能再去當牧師了，成了職業博物學家。更重要的是，他開始思考生物的起源問題，最終創建了進化論，極大地改變了世界。種種巧合促成的貝格爾之航是達爾文人生的轉折點，也是人類歷史的轉折點。
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該艦艦長菲茨.羅伊是“標準的”軍官，更是虔誠的教徒，愛真理更愛上帝。所以達爾文的《物種起源》出版後，他憤怒地宣稱達爾文背叛了自己。在著名的牛津論戰中，他手捧《聖經》，高喊“聖書啊!聖書啊!”離開會場。最後因精神錯亂而自殺。
