在徽宗朝，無可避免的要和當時朝中的大臣蔡京、童貫等發生聯繫。而林靈素真人究竟與這些奸詐之徒關係如何，卻有不同的說法。依據元代所編撰之《宋史》中《林靈素傳》所記載，林靈素真人當時將蔡京吹捧爲左元仙伯，王黼爲文華吏，盛章、王革爲園苑寶華吏。鄭居中、童貫這些奸臣，都是天上的神仙。後代歷來也都根據此，認爲林靈素真人與這些徽宗朝的奸臣，同流合污，其實如果我們考察同時代其他人所寫的書籍，即可發現這種記載，並不符合史實。
宋代皇族宗室趙與時《賓退錄》卷一《林靈素傳》記載，當時京師大旱，皇帝命林靈素祈雨，但未有感應，沒有降雨，當時的重臣蔡京就上奏朝廷，言其妖妄，希望皇帝治罪，如果雙方同流合污，關係密切，蔡京又爲什麼希望徽宗治林靈素罪呢?其理顯然不通。
後來徽宗密召靈素，讓他儘快求得三天大雨，這樣纔可以止住蔡京等大臣的謗言，所以後來林靈素就急招同屬神霄派的王文卿真人入朝，因爲王文卿真人是神霄甲子之神兼雨部之神，專職司雨，王文卿真人到後，林真人和他一起奏告上帝，果然得到三天大雨，蔡京等這才無話可說。
而宋代名臣趙鼎《歷世真仙體道通鑑》也記載：徽宗皇帝自皇后去世後，思念很深，於是就請林靈素真人效仿前代唐明皇請道士召楊貴妃相見的故事，行法召皇后相見，林真人當晚即奉旨設醮行法，飛符相召，對徽宗說：“皇后目前正在西王母處赴宴，一會兒就到。”果然過了一會兒，傳來陣陣異香，皇后出現在徽宗的面前，敘說二人前世因緣，當談及當朝國政時，皇后對徽宗說：“蔡京乃北都六洞魔王第二洞大鬼頭，童貫是飛天大鬼母，林先生是神霄教主兼雷霆大判官，徐知常是東海巨蟾精。”並希望徽宗能夠誅童蔡黨羽，修德行，如此方可免禍。這也可以看出林真人與蔡京等人，非但不是一黨，更是秉持忠心，力諫徽宗除奸的忠臣。
當然蔡京等人是不甘心如此束手就擒的，不久就又密奏徽宗，說林靈素有一祕室，蔡京偷偷派人去查看密室內的情況，發現密室之中有黃羅帳、銷金龍牀及硃紅桌椅等僭越用具。以爲抓到了把柄，於是又上奏徽宗，願徽宗親自前往查看，實證林靈素之罪。結果徽宗即親自前往密室查看，結果打開密室，裏面只有粉牆四面，桌椅二隻，其他並無一物。蔡京見此驚惶戰懼，只好叩頭請罪。
而林靈素不但力諫徽宗剷除蔡京奸黨，更對當時被蔡京等所陷害的忠臣，加以保護。一日御宴完畢，徽宗邀請林靈素真人、張繼先天師同遊禁中一閣，看見其中有一塊石碑，即是蔡京等臭名昭著的元佑黨人碑。所謂元佑黨人碑，是蔡京專權時，將之前他的死對頭列名百二十人，其中有司馬光、蘇軾、蘇轍、呂公着、呂大防等，書其“罪狀”，謂之“奸黨”，立碑於端禮門，每日上朝，文武百官都可見此碑。而林靈素與張繼先二人見到此碑時，都低頭致意，表示尊敬， 林靈素真人更是直接拿來紙筆，寫下一詩，詩的內容是“蘇黃不作文章客，童蔡反爲社稷臣。三十年來無定論，不知奸黨是何人?”顯然，這是明目張膽地爲元佑黨人喊冤叫屈，予頭直指蔡京。無怪乎次日徽宗以此詩示太師蔡京，蔡京惶恐無地，甚至請求免官回鄉。
凡此種種，皆可證明林靈素真人並非如《宋史》中所說的與童蔡奸黨同流合污，而是旗幟鮮明的反對奸黨誤國，力諫徽宗修德除邪，那麼《宋史》作爲一部正史，爲何會對林靈素真人橫加污衊呢。其實這和《宋史》的編撰者以及編撰時代有關，《宋史》是元代爲前朝所編撰的一部歷史，不僅對林真人，對當時宋朝忠臣良將都頗有污衊之詞，甚至其中記載文天祥如此的民族英雄，會說出乞降回家，甚至以後可以爲元朝顧問諮詢之語，可知其所述這些前朝忠義之事，多不足信。而《宋史》的編撰時間，是在元末至正三年，此時經歷了之前的佛道論爭，道教落敗，已然失勢，故對道士加以污衊，也是情理之中的事情。
而上文所引的這些資料出自趙鼎之手，趙鼎不但是林靈素同時代人，更是宋代著名的忠臣，陸游稱之爲“偉人”，辛棄疾稱之爲“佐國元勳”，就連他的政敵秦檜，也說他“此老倔強猶昔”，這麼一個正氣凜然、能和岳飛相提並論的人，如果林靈素如《宋史》所說的是奸臣妖道，趙鼎爲何要親自爲其立傳，又爲何要爲他說這些崇敬之語呢?而另一篇《林靈素傳》的作者趙與時，是宋代宗室 ，地位尊貴，更不可能爲一位奸臣做傳，兩相對比，我們更有理由相信趙鼎與趙與時所寫纔是真實的林靈素真人。
