發展
1886年8月15日，李鴻章授意全艦隊放假一天，並允許450名水兵自由觀光。雖然丁汝昌明令禁止水兵執軍械上岸。然而據日方記載許多水兵手執棍棒刀器，其中包括從日本古董店購買的日本刀,由於13日的糾紛所帶來的不滿，觀光很快演變爲了械鬥。按日本記載數名水兵伏擊並殺死一名警察。早有防備的警察數百名將水兵分割包圍，配合街邊市民展開石塊攻擊。事後統計顯示，水兵方面有5人死亡、44人受傷、5人失蹤(一說10人死亡)。警察也被打死5人，30人受傷。而長崎市民亦有多人受傷。
結果
事件發生後，北洋水師羣情激奮。有記載說，定遠等四艦迅速進入臨戰狀態，褪去炮衣，將炮口對準了長崎市區。總教習琅威理甚至主張對日開戰：“即日行動，置日本海軍於不振之地。”當時日本海軍纔剛剛起步，絕非中國海軍的對手。
可是丁汝昌卻沒有下令開火，喪失了把日本海軍“扼殺在搖籃中”的機會。李鴻章得知“長崎事件”後很生氣，召見了日本駐天津領事波多野，語帶威脅地說：“……開啓戰端，並非難事。我兵船泊於貴國，艦體、槍炮堅不可摧，隨時可以投入戰鬥。”
1885年11月24日，駐日公使徐承祖致電李鴻章，要求斷交撤使。此時中法戰爭剛結束不久，清廷不願再度捲入戰爭漩渦，故未批准此議。1887年2月，中日雙方簽訂協議，對各自的死傷者互給撫卹，日本賠付中國52500元，中國賠付日本15500元，長崎醫院的醫療救護費2700元由日方支付。
在日本人看來，外國水兵喝醉了酒來本國滋事，最後竟然要本國賠款，是可忍孰不可忍。“中國威脅論”成了日本主流民意，“大力發展海軍”也成了日本國內的共識，“一定要打敗定遠”，更作爲日本海軍的目標和口號。就連日本小孩最流行的遊戲，也是分成兩組，一組扮成中國艦隊，另一組扮成日本艦隊，遊戲主旨就是圍攻定遠、鎮遠。
與1886年以前處理外交事件不同的是，清廷表現出了相當強硬的態度。北洋水師總教習琅威理甚至提出了對日斷交、武力解決的主張。李鴻章的外交顧問伍廷芳被認爲在此事的圓滿解決上起了關鍵作用。
1887年2月，雙方達成彼此讓步的協議，雙方一致認定是語言不通導致了誤會的發生，所以肇事者交由本國政府自行處置，而死傷人員則由對方予以撫卹。值得一提的是，日方所支付的撫卹金數額大大超出了清廷。換句話說等於向中國進行賠款。
但也有人認爲，1886年清國軍艦的實力具有壓倒性優勢，如在長崎事件中採用琅威理的建議，一挫實力尚在清國之下的日本艦隊，則此事後中日海軍強弱，必大不相同。
影響
“長崎事件”雖得以和平了結，但在日本民衆眼裏無疑是一場不亞於任何列強的外交侵略。日本在當時卻無法戰勝亞洲同爲現代化進程中的“第一強國”，使得日本朝野的對於殖民擴張的軍國主義思想越來越濃厚，從而間接使的日本加強軍備擴軍，深受刺激的日本海軍發狠：“一定要打勝‘定遠”。當時海軍的艦船也開始針對清朝重型鐵甲艦“鎮遠”、“定遠”設計。同時在國內也大肆進行宣傳，使得民間的反華、仇華、排華的情緒高漲起來，在當時兒童最流行玩的遊戲居然是扮演中國海軍與日本海軍進行海戰的戰爭遊戲。”李鴻章將北洋軍艦送到日本修理本來就含有威懾的意圖，卻沒想到這一事件竟如此深地刺激了日本人的民族心理。
逸事
長崎事件中，一個名叫吳大五郎的日本人竊取了一本清軍的小字典(一說是截獲了清軍的電報)。小字典內的漢字縱橫兩側，標註了0、1、2、3、4、5、6、7、8、9的小數字。日本的電信專家立刻判定這是中國人電報用漢字譯電本，從譯電本中數字的組合方法，明白了中國人制造密碼的方法。 到1894年6月22日，日本外相陸奧宗光設圈套，故意將所謂“第一次絕交書”譯成漢文，遞交給中國駐日公使汪鳳藻。次日，汪鳳藻向清政府發了一封很長的電文，時任電信課長的佐藤愛麿憑以往的破譯經驗，結合在長崎事件中獲知的製造密電碼的方法，仔細對照研究清國密電的內容構造，成功破譯了中國公使館的電信密碼。由此日本在甲午戰爭前夕的外交戰以及後來《馬關條約》談判期間順利掌握清廷決策者的意圖，從而使其應付清朝得心應手。
