所謂的三藩就是鎮守雲南，貴州的平西王吳三桂;鎮守廣東的平南王尚可喜;鎮守福建的靖南王耿精忠。自1644年吳三桂引清兵入關後，一路充當鎮壓農民起義的急先鋒，最後兵佔雲南，擒殺桂王，因功勞受封爲平西王，鎮守雲貴兩省，明朝降將耿仲明，尚可喜，也爲清朝建立立下汗馬功勞，受封爲王，他們傭兵自重，各霸一方，不受清朝政府控制，逐漸形成了割據勢力，三藩的存在使清朝財政陷入的危機，已形成尾大不掉之勢，嚴重的威脅清朝的統治。
康熙在清除鰲拜之後，更是把三藩割據勢力視爲心腹大患，他密切關注事態的發展，積極尋求解決三藩的有利時期。
機會終於來了，1673年3月康熙十二年，這年尚可喜上奏說自己年事已高，請求會遼東老家養老，並請清朝政府恩准他兒子尚之信襲平南王爵位，仍留廣東，康熙回覆撤銷尚氏的藩封，遣返遼東，撤藩令下，吳三桂，耿精忠也分別請撤藩，目的是試探清朝政府對他們的態度。康熙則力排衆議，決定吳耿二藩同時撤去。
這消息傳到雲南吳三桂立即作出反應，殺死雲南巡撫朱國治，自稱天下都招討兵馬大元帥，令全軍蓄髮，發佈檄文，聲稱興明討胡虜，公開叛變清朝政府。隨後耿精忠，尚之信也公開叛變朝政府。
面對三藩的囂張氣焰，年輕的康熙皇帝表現出他的雄才大略，認爲主要叛亂者是吳三桂，對他必須堅決打擊，絕不議和，而對其他兩位藩王則大開招撫之門，只要肯降，既往不咎。最終經過8年波及十餘省的三藩之亂平定了，結束了南方分裂混亂的局面，鞏固了清朝政府的統治。
