現如今，經考古發掘出土的屍骨主要有以下幾種處理方式：
第一種：保存在博物館以供研究
有一些古墓，距今已經有數千年的時間，墓主人的屍骨大多腐爛了，只剩下些許骨骼碎片。但這種屍骨，仍然具有相當高的考古研究價值。它們對於鑑定墓主人的性別、去世原因和年齡等信息具有決定性的作用。而在研究之後，這些屍骨會被博物館收藏。
第二種：極少數會被回埋進古墓或者火化
目前發現的古墓中，佔絕大多數的還是普通老百姓的墓葬，皇室貴族的大墓相對來說還是少數。而這些普通的古墓，大多數不會有很高價值的隨葬品，墓葬也比較簡單隨意，所以研究價值相對較低。若是這種古墓經過了考古發掘，一般來說都是將古墓的信息記錄存檔，若是墓主人的屍骨還在，通常情況下會回埋，若是不具備回埋條件的，則會火化。
第三種：展覽
有些博物館會展覽一些古代屍骨，比如說湖南馬王堆漢墓出土的辛追夫人，還有新疆的樓蘭美女等等。像這種保存如此完好的古人屍骨，真是極其少見，所以它們也是國寶級的文物，具有極其珍貴的研究價值。每年，博物館都需投入大量的人力和物力來保護它們。
第四種：因某些特殊原因被損毀或丟失
這種情況一般都是發生在特殊的年代。之前郭沫若主持發掘的明定陵，萬曆皇帝的屍骨就慘遭不測。由於當時的條件有限，萬曆皇帝的棺槨在沒有保護措施的情況下就被開棺了，開棺之後也沒有及時對屍骨進行保護，而是任由其暴露在空氣之中，在這種條件下，萬曆皇帝的屍骨以極快的速度腐爛。而到了上世紀的七十年代，萬曆皇帝的屍骨被人一把火給燒了。
隋煬帝墓被發現時，在墓中找到了兩顆牙齒，經鑑定，這兩顆牙齒的主人爲50歲左右的男性，這一點基本與楊廣過世時的年齡相符合，所以很快就確定楊廣就是一號墓的主人，而二號墓內所安葬的是一具女性屍骨，年齡在56歲以上，身高大約1.5米，結合相關的史書記載，基本斷定墓主人就是蕭後。
根據史書記載，楊廣被人勒死之後，蕭後將牀板拆掉當做棺材，悄悄地把楊廣埋葬在流珠堂。隋煬帝去世之後五個月，他的舊部陳稜將他遷葬於吳公臺。唐朝的時候，因爲李淵和楊廣的親戚關係，又將他的墓遷到雷塘。經過多番折騰，楊廣的屍體飽受摧殘，因牙齒是人體上最堅硬的部位，這才得以保存。
宋理宗的陵寢被楊璉真迦所盜，爲了得到屍體中的水銀，楊璉真迦將宋理宗的屍體倒掛在樹上，之後更是取走了理宗的頭骨做成了酒器。當時有一紹興人，名叫唐珏，不惜變賣家財，宴請鄉里，以此鼓勵大家和自己一起收埋先帝遺骨，之後他們撿來一些獸骨放入墓內，達到了以假亂真的地步，唯有宋理宗的顱骨沒有更易。
到了明朝初年，朱元璋得知此事之後，長嘆不止。命人務必找回理宗的頭顱，找回後，以帝王之禮重新安葬在南京，第二年又重新歸葬紹興永穆陵。
乾隆皇帝的裕陵被盜之後，其屍骨混入墓中的泥漿之中，根據《東陵盜案彙編》中、記載："撿得肋骨一條，腳骨二塊，膝骨一塊。"隨葬的后妃屍骨也被損毀殆盡。在東陵被盜40天后，溥儀派人前往重斂屍骨，發現墓中屍骨全碎，只剩下4個頭骨，其中一個頭骨較大，被認爲是乾隆的頭骨。
