科穆寧家族起家於帕弗拉戈尼亞，屬於典型的小亞細亞軍區大地產軍事貴族家族。王朝的始祖伊薩克一世·科穆寧在1057年君士坦丁堡軍隊首領們發動的政變中被擁立為皇帝，但伊薩克·科穆寧的統治只維持了不到兩年時間。由於企圖抑制教會和官僚，結果被以米海爾·普塞爾烏斯為首的帝都貴族推翻。杜卡王朝取得了皇位，該家族對官僚階層作出種種讓步，使帝都貴族更加得勢。杜卡王朝在被其將領尼基弗魯斯·波塔尼亞特推翻。在這種混亂的政治鬥爭中，伊薩克一世的侄子阿歷克塞一世·科穆寧擴大了勢力，並在1081年推翻了尼基弗魯斯三世，恢復了科穆寧王朝的統治。王朝在阿歷克塞之孫曼努埃爾一世的統治下達到巔峯，恢復了東羅馬東方霸主的地位。然而在其死後王朝卻迅速的在昏庸的統治者，野心家，以及十字軍手下衰落下來，最終伊薩克·安格洛斯結束了科穆寧的統治。
阿歷克塞一世·科穆寧是科穆寧王朝的真正奠基人。在科穆寧王朝時期，拜佔廷帝國已不具有馬其頓王朝時代的在亞洲和歐洲同時發動大規模軍事進攻的能力。此時拜占庭帝國封建制度形成一定規模，軍事貴族對廣大領地實行終身監領，承擔向國家交納租税和提供軍隊的義務。由於自由農民人數鋭減，常備軍兵源枯竭，帝國不得不更多地依賴外籍僱傭軍。
為了使威尼斯人支持拜佔廷帝國反對突厥人和諾曼人的戰爭，阿歷克塞一世被迫給予威尼斯共和國以重大貿易特權，卻極大程度上的損害了拜佔廷的經濟，也使帝國的海上霸權不復存在，又給予比薩以商業特權，部分抵消了威尼斯人的優勢。(相應地，地中海的制海權轉移到了意大利諸城邦，主要是威尼斯和熱那亞手中)。由於首領羅貝爾·吉斯卡爾的暴亡，諾曼人對希臘的滲透戛然而止，使科穆寧王朝在許多年裏都擺脱了西方的威脅。但是，更大的威脅是來自亞洲的塞爾柱突厥人和歐洲的意大利城邦。1090年，阿歷克塞一世傾舉國之力阻止了突厥人的西進，使帝國東部防線暫時穩定了下來。阿歷克塞一世曾幻想借助西歐的軍事力量從突厥人手中收復亞洲領土，向教皇發出了援助呼籲，結果導致西歐封建主發動了十字軍東征。在整個科穆寧時代，拜佔廷帝國都不得不努力控制前往亞洲的十字軍大軍，以及他們在敍利亞和巴勒斯坦地區建立的一羣西歐式小國，這些小國只是偶爾臣服於拜佔廷。
阿歷克塞一世以後的科穆寧王朝諸帝除曼努埃爾一世以外大多政績不顯。約翰二世擊敗了已經在突厥人內鬥中衰落的佩切涅格人(為此設立了"佩切涅格節")，但是在東方的失敗政策和經濟上的全面崩潰導致了帝國這一時期極度衰弱，並被迫屈服於實力逼人的威尼斯人。約翰二世之子曼努埃爾一世非常成功地復興了帝國的經濟，社會和政治系統，並征服和統治了亞洲以安條克為中心的十字軍諸國以及全巴爾幹半島和克羅地亞地區，然而在企圖征服塞爾柱突厥人時遭到了挫敗(1176年密列奧塞法隆戰役);他死後，由於繼承人年幼而導致的政治動盪，拜佔廷的力量開始再次全面下滑。自此，其衰落已經不可避免。1185年，科穆寧王朝的安德羅尼卡一世(他以激進而失敗的統治著稱)被其將領伊薩克二世·安格洛斯(此人是阿歷克塞一世的女兒狄奧多拉的後代)推翻，後者建立了安格洛斯王朝，科穆寧王朝在拜佔廷的統治宣告結束。
阿歷克塞一世求助於十字軍的想法最終被證明是引狼入室，1204年十字軍推翻了由安格洛斯家族統治的拜佔廷帝國。帝國各豪族在亡國後紛紛建立了獨立國家，其中科穆寧家族也在小亞細亞建立了特拉比宗帝國。位於希臘的伊庇魯斯專制君主國也是科穆寧家族的一個後代建立的。但是，拜佔廷的眾多繼承國中的真正正統繼承者尼西亞帝國與科穆寧王朝無關，而也是尼西亞帝國最後恢復了拜佔廷帝國。
科穆寧王朝時期的拜佔廷湧現了一批傑出的歷史學家，其中最著名的是阿歷克塞一世的女兒安娜·科穆寧。安娜·科穆寧的主要作品是《阿歷克塞傳》，這是研究阿歷克塞一世統治時期拜佔廷歷史的頭等史料。安娜·科穆寧娜的丈夫尼基弗魯斯·布林尼烏斯也寫了一些重要的歷史文獻，但未能完成。其他著名的歷史編撰者包括約翰·金納穆斯(曼努埃爾一世的私人祕書，他的作品深入記述了曼努埃爾的統治)和尼基塔·科尼亞特斯(寫了科穆寧王朝結束後到十字軍攻陷君士坦丁堡之間的歷史)。
