康熙三十六年(1697年)二月，康熙鑑於噶爾丹拒不投降，再次下詔親征。噶爾丹在衆叛親離的情況下，服毒自殺而死，至此康熙時期平定噶爾丹叛亂之戰始告結束，喀爾喀地區重新統一於清朝。
噶爾丹死後，策妄阿拉布坦便成爲準噶爾部的統治者。隨着他的統治地位的鞏固和地盤的不斷擴大，又滋長了分裂割據的野心，沙皇俄國也積極支持其叛亂。策妄阿拉布坦在沙俄支持下，不斷襲擊清軍據守的科布多、巴里坤(今新疆巴里坤)、哈密等軍事重鎮，並派兵侵入西藏，進行分裂叛亂活動。由於康熙及時派兵進藏協同藏軍進行圍剿，纔將策妄阿拉布坦叛亂勢力趕出西藏。康熙帝逝世後，雍正繼續堅持平定準噶爾貴族割據勢力的鬥爭。
政治影響
在清朝，“大一統”、“一體”、“一統”和統一是同義詞，全國的統一對於清王朝來說，是不可動搖的目標。正如康熙帝所說：“朕爲天下一統主，務使四海之內，人民鹹獲其所，一享太平”。
康熙三徵噶爾丹以後，清政府重新控制了阿爾泰山以東的漠北蒙古，給當地蒙古貴族各種封號和官職。清政府又在烏里雅蘇臺設立將軍，統轄漠北蒙古。康熙五十六年(1717年)，噶爾丹的侄子策妄阿拉布坦攻佔西藏，康熙派胤禵領兵入藏驅逐了準噶爾勢力，維護了西藏地區的安寧。
軍事影響
清軍平定準噶爾貴族分裂叛亂戰爭的勝利，不僅維護、鞏固了西北邊陲，消滅了準噶爾貴族分裂勢力，而且也打擊了沙皇俄國侵略中國準噶爾的野心。之後的康熙五十九年(1720年)，康熙帝派兵遠征西藏，驅逐了策妄阿那布坦，護送達賴喇嘛六世進藏。以後，清政府又在拉薩設置駐藏大臣，代表中央政府同達賴、班禪共同管理西藏。
地緣影響
清朝統治者對於割據一隅的邊疆民族政權並未簡單地斥之爲分裂或分裂政權。而是在不同的階段、對不同的民族、按不同的地區所確立的不同關係採用了不同的稱呼，實施不同的政策。在與邊疆民族各部的關係上，清朝統治者明確規定：“分疆別界，各有定製”。
從清初至18世紀統一多民族國家最後形成的一百年間，中國廣闊的土地上，既有清王朝，也有邊疆民族政權，多種政權和多種制度並存，相互之間既有吸收、融合又有排斥和對抗，除了準噶爾與清朝對抗時間較長外，其他基本都處於和平交往的狀態中，這種長時間的多種政權並存的局面爲各民族和各民族政權的經濟文化發展創造了有利時機，也爲統一多民族國家形成和版圖奠定的穩定性提供了時間的保證。
