胤禛剛登基，對隆科多非常信任，在許多事情上都諮詢他的意見，一派君臣和睦相協、同舟共濟的景象。
但到1725年下半年，雍正已經對他有所責難，並開始有步驟地打擊隆科多。爲什麼在短短兩年時間內，雍正的態度就轉了一個大彎呢?
究其原因，主要在於隆科多居功自傲，擅權結黨，已對雍正的皇權產生了不利的影響。比如，自比諸葛亮，奏稱“白帝城受命之日，即是死期已至之時”一語，又稱康熙死日他曾身帶匕首以防不測。這雖是在他快倒臺的時候說的，但難保在平日不會有此類話語流露。還有，隆科多曾自誇九門提督(步軍統領)權力很大，一聲令下就可以聚集兩萬兵馬。這些話語多少暴露了隆科多擁立胤禛的真相，自然爲雍正所忌諱。實際上，當日暢春園的氣氛必然是非常緊張的，步軍統領所統轄的兵力也確實約有兩萬名官兵，而隆科多說他帶匕首防身也情有可原。但這些話語後來都成了隆科多的罪狀。在罪狀中，胤禛認爲康熙去世當日隆科多並不在康熙身邊，也沒有派出近侍之人，隆科多此時重提這些話就是大不敬，就是欺罔，全然沒有顧及此前不久他還因爲隆科多的擁戴之功而感恩戴德。臣子有功，主上高興的話可以恩賞，但不允許你自己表功，不然那就是要挾，就是說明主上無能或者無德，這就是大清皇帝雍正的邏輯。
還有一條罪狀，說隆科多交結阿靈阿、揆敘。阿靈阿卒於1716年，揆敘卒於1717年，他們都不是雍正一朝的人，這條罪狀從何說起?原來，雍正這是在算舊賬。早在1708年，羣臣推舉皇太子時，阿靈阿和揆敘是推舉皇八子的核心人物。但隆科多那時似乎並沒有什麼能量，他只是一個一等侍衛而已。早在1705年，他的副都統、鑾儀使之職已被康熙罷去。他是大阿哥的人，雖然大阿哥積極參與謀立八弟，但隆科多畢竟跟胤禩隔了一層。事實的隱情還在於隆科多的父親佟國維。佟國維在1708年大臣推舉之前搶先上奏，提醒康熙對立儲之事要謹慎考慮。當時，佟國維已經退休了，但這個上奏的意味還是很明顯，等於告訴衆臣國舅兼國丈佟國維不贊成復立廢太子胤礽，而是意圖支持皇八子。當後來康熙追究主謀時，衆臣舉出大學士馬齊，但康熙表示肯定是佟國維，予以斥責，只是沒有重罰。畢竟佟國維是皇親國戚，父皇都沒有加罪，雍正也不好說什麼。但對阿靈阿和揆敘，雍正在他們死後也不放過，斥之爲不忠不孝暴戾陰險之人，儼然是本朝最無恥的大臣。雍正藉此張開了清除胤禩集團的大幕。
最終，“隆科多免其正法，於暢春園外造屋三間，永遠禁錮”。其贓款數十萬兩，於家產中追補。長子嶽興阿被革職，次子玉柱被髮往黑龍江當差。1728年夏，隆科多於幽憤中死去。而電視劇《雍正王朝》所演，在雍正末年隆科多聯合皇八子等人逼宮也就成了無稽之談。
