清朝的地方行政制度實行的是督撫制。當時全國劃分爲23個省，每個省設一名巡撫，爲主管一省民政的最高長官。總督權力比巡撫大得多，但與巡撫之間沒有直接的隸屬關係，總督和巡撫都是對上直接聽命於皇帝。不同的是總督可以管數省，側重軍事，巡撫只管一省，側重民政。當時全國設八大總督，分別爲直隸、兩江、閩浙、兩湖、陝甘、四川、兩廣、雲貴總督。這就不難看出浙江事實上是歸閩浙總督管的。李沛誠所著《中國曆代改革者》一書中專門介紹兩江總督管轄的是：江蘇、安徽、江西三省。
總督和巡撫合稱“督撫”，都是從明朝開始設置的。那時，政府派大臣處置地方軍政事務，有兩種頭銜，全稱分別是“總督某地等處地方提督軍務糧餉兼巡撫事”和“巡撫某地等處地方提督軍務兼理糧餉”，前者就是總督，後者就是巡撫，都屬於臨時性質事罷還朝。
清朝時，正式以督撫爲地方最高長官。總督管轄一省或二三省，冶理轄區內的軍民要政。巡撫是省級地方長官，總攬一省的軍事、吏治、刑獄等事。鴉片戰爭前，清朝全國有8總督16巡撫。8總督爲：直隸、陝西、甘肅、浙江、湖南、湖北、廣東、廣西、雲南、貴州、福建、江西。東北奉天、吉林、黑龍江三省的督撫一直到公元1906年才設置。直隸、四川兩省只設總督，不設巡撫。甘肅巡撫於1754年撤去，由陝甘總督兼任。公元1884年，建新疆省，開始設甘肅新疆巡撫，駐烏魯木齊。公元1885年，臺灣建省，改福建巡撫爲臺灣巡撫，駐臺北，福建巡撫由閩浙總督兼任。其餘各省則督撫並置。總督的官品高於巡撫。
附：清朝官制
清朝是中國歷史上最後一個封建王朝，集各種權力於一身的皇帝，總結歷史上各朝代的經驗，爲加強中央集權，削弱、分化大臣權利，以防權臣篡位，建立了一套有別於以前各朝的官制。
內閣：明朝時爲了進一步集權而不設宰相、中書省等機構，宰相的權利轉移到內閣，由內閣來處理國家政務。清朝繼承了這一做法，內閣的首輔大學士以及協辦大學士都被稱爲中堂，即宰相的別稱，但實權則由軍機處掌握，在軍機處任職的官員稱爲軍機大臣，統稱大軍機，軍機大臣的僚屬稱爲軍機章京，又稱小軍機。
中央行政機構：
清朝沿襲明朝傳統，設六部(吏、戶、禮、兵、刑、工)，各部長官(管部的大學士及尚書、侍郎等)稱堂官，部下屬各司的郎中、員外郎、主事以及主事一下的七品小京官稱爲司官。
在六部之外和六部並立的中央行政機構有：大理寺、太常寺、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺、國子監、欽天監、翰林院、太醫院、理藩院、宗人府、詹事府、內務府。
軍事系統：
清朝軍隊主要分八旗和綠營兩個系統。八旗又分京營和駐防兩部分，京營中侍衛皇帝的稱爲親軍，由侍衛處(領侍衛府)領侍衛內大臣和御前大臣分掌，而御前大臣持掌乾清門侍衛和皇帝出行隨扈，權位尤重。其他守衛京師的有驍騎營、前鋒營、護軍營、步兵營、健銳營、火器營、神機營、虎槍營、善撲營等。驍騎營由八旗都統直轄;前鋒營、護軍營、步兵營各設統領管轄;健銳營、火器營、神機營由於都是特種兵，設掌印總統大臣或管理大臣管轄;虎槍營專任扈從、圍獵等，設總統管轄;善撲營則專門練習摔角。
駐防八旗駐紮於全國各重要之地，視情況不同設將軍、都統、副都統、城守尉、防守尉等官。內地將軍等只管軍事，而駐紮邊疆的將軍等要兼管民政。清朝的將軍是滿官的稱號，戰時則任命親王爲大將軍。
綠營即漢兵，駐紮京師的稱巡捕營，歸步軍統領管轄。綠營的建制分標、協、營、汛幾級，標又分爲督標、撫標、提標、鎮標、軍標、河標、漕標等，分別由總督、巡撫、提督、總兵、八旗駐防將軍、河道總督、漕運總督統率。督標、撫標、軍標、河標、漕標都是兼轄，實際各省綠營獨立組織爲提標、鎮標，提督實爲一省的最高武官，總兵略低於提督。總兵以下，副將所屬爲協，參將、遊擊、都司、守備所屬爲營，千總、把總、外委所屬爲汛。
行憲機構：
清朝沿襲明代設監察院，左都御史、左副都御史爲監察院長官，右都御史、右副都御史則爲總督、巡撫的加銜。
地方行政：
清沿襲明制，大致分省、府、縣三級，總督、巡撫爲掌握行政、軍事、監察大權的高級地方官員，佈政、按察兩使爲督、撫的屬官。與督、撫平行的有駐防將軍和提督學政，不過駐防將軍只管八旗駐軍;提督學政只管學校與科舉考試，其權力不能與督、撫相比的。省以下有道的設置，道爲監察區性質，不算正式行政區。道主要有分守道和分巡道兩種，兼兵備銜，另有一些不屬佈政、按察二司的道，如海關道、管河道、督糧道、鹽法道等。省以下爲府，設知府、同知、通判等官，與府平行的有直隸廳，設同知、通判。府以下爲縣，設知縣、縣丞、主簿等官，與縣平行的爲散廳，設置同直隸廳。在少數民族地區則設專門機構管理，即土司，一般分爲兩種：一種由軍事部門管轄，如宣慰司、宣撫司、安撫司、招討司、長官司等，長官爲宣慰使、宣撫使、安撫使等;另一種是由行政部門管轄，也設府、縣等，官員稱土知府、土知縣，通常由少數民族頭人擔任。
