祁鈺受命前往大同與瓦剌人交涉，允賢給祁鈺送別，叮囑他一定要小心保護自己，祁鈺則說自己一定會平安回來早日迎娶允賢，二人依依惜別。轉眼離祁鈺出使大同已經過去兩月，錢皇后的肚子也眼見着大了起來。允賢去給義母賀壽，見義母最近熱衷於食用“藥膳”，對此感興趣起來，於夫人於是拿出現在京中廣爲流傳的據說是由太醫院程院判編纂的藥書給允賢過目，允賢驚訝地發現此書竟是程十三抄襲於她的藥稿。
允賢氣沖沖地拿着程十三的新書去質問他——身爲太醫院的前輩爲何要抄襲她的藥稿，程十三這才明白過來原來那摞手稿來自允賢。但爲了保住自己的顏面，他仍矢口否認，允賢於是舉出程十三書中的“七神歸元湯”的主料及配料都與她譚家祖傳祕方中的“七神歸元丸”一模一樣。見程十三毫無悔意，允賢打算進宮去向皇上告狀，村霞爲了袒護叔叔，請求允賢不要去告發程十三，允賢礙於同門情誼答應暫且不去揭發此事。
程十三在村霞面前假意悔改，轉背卻去向太后揭穿了允賢是當年太醫院譚復孫女之事，太后知情後打算殺掉允賢。程十三知道就這樣處決允賢勢必會遭到皇上的阻撓，於是又生出毒計——讓劉妃假裝暈倒，繼而讓其請允賢爲她診脈，後又安排劉妃小產，並將此罪名推到允賢身上。
太后以允賢“殘害龍嗣”爲由要將其賜死，皇上堅決阻撓。允賢則鎮定自辯，稱劉妃的確小產無疑，但早上讓她診脈之人卻並非劉妃，因那人爲罕有的奇飛脈，允賢早上診脈時就已發現並將此事告知了其師父劉平安記錄在冊，而眼前劉妃並非有奇飛脈之人。允賢字字鏗鏘，劉妃亦主動招認自己系受太后指使陷害允賢。真相已經昭然於心，太后知道自己的計謀被拆穿，強行將程十三帶出了劉妃寢殿，並打發其他自行逃命。
村霞因叔父抄襲了允賢的藥稿之事向允賢賠罪，並請求允賢看在其叔父經營太醫院多年沒有功勞也有苦勞的份上原諒叔父，還說叔父上次爲了醫治瘟疫，甚至不小心燙掉了自己虎口上的胎記。允賢得知程十三虎口上有胎記，記起當年陷害譚家害死爺爺和哥哥的奸人。皇上幫允賢在太后面前重翻舊案，指出太后的心腹程十三才是當年害她小產的真兇。
太后盛怒之下說要殺了程十三，內監曹吉祥聽聞立即將其一刀刺死。舊事重提，太后急怒攻心，中風病倒。曹吉祥祕密將程十三帶回東廠，原來他那一刀並未刺中程十三的要害，而他之所以將程十三帶回來，則是想獲悉更多關於太后的祕密。
皇上命允賢編髮的《太平藥膳方》也已編印完成，百姓得到免費派發的藥書，都對皇上的仁政讚不絕口。
