第二次世界大戰即將結束，最後一個法西斯國家——日本已臨大廈之將傾。
1945年7月26日，美、中、英三國政府簽署了敦促日本無條件投降的《波茨坦公告》，8月8日，蘇聯宣佈加入該公告。公告第十款規定：吾人無意奴役日本民族或消滅其國家，但對於戰爭罪犯，將處以法律之裁判。
1946年2月15日，盟軍統帥麥克阿瑟根據各盟國政府的提名，正式任命了遠東國際軍事法庭的十一名法官：中國的梅汝璈，澳大利亞的韋伯，美國的希金斯，英國的帕特里克，蘇聯的沙陽諾夫，法國的柏乃爾，加拿大的馬克杜古，荷蘭的洛林，新西蘭的諾斯克魯夫特，印度的帕爾，菲律賓的哈那尼拉。
對於政府與國人賦予的重任，梅汝璈欣然接受，向前來採訪的記者慷慨吐露心跡："審判日本戰犯是人道正義的勝利，我有幸受國人之託，作爲莊嚴國際法庭的法官，決勉力依法行事，斷不使那些擾亂世界、殘害中國的戰爭元兇逃脫法網。"他認爲，法官應當具有相輔相成的儀表，因得悉十一個法官中有九個年長於自己，便蓄起上脣鬍鬚，使自己增添了幾分老成與威嚴。
1946年3月19日，梅汝璈肩負祖國與民族的重託與期望，自上海登機東飛日本，誠如當時報載："清算血債，遠東國際軍事法庭審判官梅汝璈今飛東京。"
剛柔並濟爭得一席
中國雖然是同盟國中受侵略最慘的戰勝國之一，但審判長由澳大利亞韋伯法官擔任，美國、中國、英國、蘇聯、澳大利亞、加拿大、法國、荷蘭、印度、新西蘭、菲律賓十一國法官的座次問題，開庭前預演時就發生了爭議，因爲庭長韋伯宣佈入場的順序爲美國、英國、中國、蘇聯、澳大利亞、加拿大、法國、荷蘭、印度、新西蘭、菲律賓，把中國法官的座次排在英國之後。梅汝璈立即對這一安排提出強烈抗議：“如論個人之座位，我本不在意。但既然我們代表各自國家，我認爲法庭座次應該按日本投降時各受降國的簽字順序排列才最合理。首先，今日系審判日本戰犯，中國受日本侵害最烈，且抗戰時間最久、付出犧牲最大，因此，有八年浴血抗戰歷史的中國理應排在第二，再者，沒有日本的無條件投降，便沒有今日的審判，按各受降國的簽字順序排座，實屬順理成章。”接着，他憤然脫下象徵着權力的黑色絲質法袍，拒絕“彩排”，他說：“今日預演已有許多記者和電影攝影師在場，一旦明日見報便是既成事實。既然我的建議在同仁中並無很大異議，我請求立即對我的建議進行表決。否則，我只有不參加預演，回國向政府辭職。”由於他的據理力爭，庭長當即召集法官們表決，結果入場順序和法官座次按日本投降各受降國簽字順序安排。這次預演雖然推遲了半個多小時進行，梅汝璈終於爲我國爭得了應有的位置，捍衛了中華民族的尊嚴。
費盡心血判處首惡
在對戰犯量刑方面，再次發生激烈的爭辯。一些來自未遭到日軍過多侵略踐踏的國家的法官們不贊成處以死刑(其中最讓人不可理解的是，印度法官巴爾甚至主張要以“慈悲”爲懷和國家犯罪不應追究個人責任等原因無罪釋放25名戰犯)。
爲了伸張正義，梅汝璈根據審判過程中兩年來收集的日軍暴行，例如在南京大屠殺中就用了砍頭、挖心、剖腹、碾壓、水溺、火燒、砍去四肢、割下生殖器等令人髮指的暴行，較之德軍在奧斯維辛集中營的單純用毒氣殺人殘酷百倍，主張對南京大屠殺主犯鬆井石根必須處以死刑，同時也努力收集板垣徵四郎、土肥原賢二、梅津美治郎、南次郎等侵華主犯的罪證，並全力爭取將這幾個首惡判決死刑。
最後，表決結果以6票對5票的微弱優勢，終於將東條英機、土肥原賢二等七名罪惡累累的首犯送上了絞刑架!
在法庭最後環節的工作——判決書的書寫問題上，梅汝璈再次以其凜然正氣和愛國之心爲中國人爭得了榮譽和尊嚴。當時，有人主張判決書統一書寫，但梅汝璈認爲，有關日本軍國主義侵華罪行的部分,中國人受害最深，中國人最明白自己的痛苦，中國人最有發言權，因此，這一部分理當由中國人自己書寫。經過他的交涉，由這次歷史性審判而形成的長達90餘萬字的國際刑事判決書，留下了梅汝璈代表4億多受害中國人民寫下的10多萬字。
對於那場如同硝煙一般逝去的歷史審判,日本國內也許有人有不同的看法，但梅汝璈先生的一段話，或許能讓人更深刻地理解什麼是戰爭和歷史：“我不是復仇主義者，我無意於把日本軍國主義欠下我們的血債寫在日本人民的賬上。但是，我相信，忘記過去的苦難可能招致未來的災禍。”
後人如此評價梅汝璈：他代表中國人民參與的東京軍事法庭審判，不僅爲中國人民贏得了正義，它和此前的紐倫堡審判一道，確立了國際法上對侵犯和平罪、反人道罪的司法準則，對國際法的發展和維護國際正常秩序起到了歷史性的作用。
告誡國人勿忘歷史
20世紀60年代初，日本軍國主義陰魂復活，右翼分子在名古屋爲東條英機等七個被處死的戰犯樹碑立傳，把他們吹捧成"殉國烈士"、"民族英雄"。
梅汝璈拍案而起，着手編寫了《關於谷壽夫、鬆井石根和南京大屠殺》一文。
梅汝璈依據在遠東國際軍事法庭上掌握的材料，歷數了兩個"死有餘辜"的南京屠城魁首的罪惡。一個是侵入南京的華中派遣軍總司令官鬆井石根，也是攻打南京的最高統帥;另一個是攻佔南京主力的日軍第六師團長谷壽夫，抗戰勝利後被引渡來華受審，判處死刑，槍斃在雨花臺刑場。
