以前是被人管，現在是管別人。被人管時不自在，不免心懷怒氣，現在管人了，而且權力至高無上，就能由自己的性嗎?朱元璋發現，古來那一套管人的方法還是挺不錯的，還得用，不過，在這方面他也有一些發明創造。
要丞相還是不要丞相
明朝建立之初，各級官僚機構還沿用元朝的制度。早在朱元璋做吳王的時候，他就着手在自己的轄區建立行政機構，設立了行中書省，以李善長爲右相國，徐達爲左相國。這時百官禮儀以右爲上。到了吳元年(1367年)，改爲以左爲上，李善長改爲左相國，徐達改爲右相國。到了洪武元年，在中央，設立中書省，中書省長官就改爲左、右丞相了(正一品)。李善長、汪廣洋、胡惟庸，先後擔任過左、右丞相。丞相之下設有平章政事(從一品)、左右丞(正二品)、參知政事(從二品)。
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中書省內的辦事機構：
左、右司，
有郎中(正五品)、
員外郎(正六品)、
都事、檢校(正七品)、
照磨、管勾(從七品)。
參議府，
有參議(正三品)、
參軍、斷事官(從三品)、
斷事、經歷(正七品)、
知事(正八品)。
都鎮撫司，
有都鎮撫(正五品)。
考功所，
有考功郎(正七品)。
中書省統領百官，總理吏戶禮兵刑工六部的事務，中書左丞相極爲崇高，權力極大，所謂“一人之下，萬人之上”。洪武初，徐達常在軍旅，中書省由丞相李善長掌握權力。洪武四年，李善長罷相，又以汪廣洋爲丞相，洪武六年汪廣洋罷相，又任命胡惟庸爲丞相。
但是胡惟庸專權驕橫，終於引起朱元璋不滿，洪武十三年，朱元璋興胡惟庸之獄，胡惟庸被處死，不再設立丞相，連中書省也廢除了。從此，皇帝以外再也不可能出現另一個權力中心，皇帝以外再也不可能出現一個與他爭奪權力的人。
丞相被廢后，由皇帝直接統率六部，可說大權獨攬。但是，皇帝精力有限，必須藉助於辦事機構處理政務，於是就設立了春、夏、秋、冬四輔官，後來四輔官被廢除，翰林院、左右春坊的官員成了皇帝身邊的辦事員。
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元朝在地方上設行中書省，朱元璋攻下集慶(今南京)後，曾經自領江南行中書省。以後每攻佔一地，就設立行中書省。行中書省的官員，自平章政事以下與中書省相同。後來，各地廢除了行省，改設承宣布政使司，掌管一省行政。
在中央，都察院負責監察，地方設提刑按察使司掌管監察司法。元朝的行省權力很大，是中書省的派出機構。明朝的布政使司，權力就小多了。
天下兵馬誰掌握
朱元璋以武功起家，控制軍隊對他來說十分重要。元朝中央的軍事機構是樞密院，朱元璋佔領集慶(今南京)後就建立了行樞密院，後又設立了諸翼統軍元帥府。不久，樞密院被廢，改設大都督府，其長官爲大都督，朱元璋任命侄子朱文正爲大都督。大都督府地位很重要，有權節制京師和各地的軍事。大都督之下設有司馬、參軍、經歷、都事等官。
到吳元年(1367年)後，大都督府不再設大都督，而設左右都督(正一品)爲長官，以下設同知都督(從一品)、副都督(正二品)、僉都督(從二品)，其下設有參議(正四品)、經歷、斷事官(從五品)、都事(正七品)、照磨(從七品)等官。
洪武十三年(1380年)，明朝發生了一件大事，丞相胡惟庸因爲謀反被處死，中書省被撤銷，不再設丞相，與此同時大都督府也發生了重大變化，改爲中軍、左軍、右軍、前軍、後軍五個都督府，每府設左右都督(正一品)、都督同知(從一品)、僉都督(正二品)，其下設有經歷司，有經歷(從五品)、都事(從七品)等官。
五軍都督府分別統領京師和全國各地的衛所軍隊。但是錦衣衛和其他皇帝的親軍不歸五軍都督府管。
明朝的軍隊有京軍和地方的衛所軍。京軍又分衛所軍和負有特殊任務的錦衣衛等保衛皇帝的親軍。洪武四年(1371年)京軍達二十萬七千八百人。明朝的軍隊以衛所爲編制，所謂“一郡者設所，連郡者設衛”。大概五千六百人爲衛，一千二百人爲千戶所，一百二十人爲百戶所。
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在各省設有都指揮使司，與地方布政使司、按察司並稱爲“三司”。洪武年間，全國共有十七個都司、三百二十九個衛，還有一個留守司六十五個守禦千戶所。
明朝的衛所士兵都是世襲的，軍戶世世代代當兵。每個士兵除承擔軍事任務外，都有一份土地，征戰守衛之餘耕種土地，是軍餉的來源之一。所以，朱元璋曾經誇口說：“我京師養兵百萬，要不費百姓一粒米。”
明朝的軍事制度錯綜複雜，每當有徵討，要由皇帝任命總兵官，調各衛所軍歸其指揮。打完仗以後，將領交還印信，軍隊又回到各個衛所。
在中央政府機構的六部中還有一個兵部。兵部是幹什麼的呢?兵部設尚書(正二品)、左右侍郎(正三品)等官。兵部的職責是“掌天下武衛官軍選授簡練之政令”，也就是說，負責選拔、任命全國都司衛所的軍官，軍隊的訓練，包括各地軍隊的部署、軍隊裝備的管理等等。
如此複雜的軍事系統，形成了相互制約、相互監督的機制，以保證全部軍事大權牢牢掌握在皇帝手中。
