有關瞿佑何時流放塞外的問題，前人對此言之不詳。李慶先生據日本內閣文庫所藏瞿佑的《樂全稿·樂全詩集》之《至武定橋》一詩中的“自注”：“永樂六年四月，進周府表至京，拘留錦衣衛。自汴梁起取家小十二口至此，蒙撥房屋居住，至今二十一年矣”，從而認定爲是明成祖永樂六年(1408)四月，可以信從。
至於瞿佑被貶的緣由，事主諱莫如深，只是說：“向以洪熙乙己冬，蒙太師英國張公奏請，自關外召還，即留樂西府，今又三載，又蒙少師吏部尚書蹇公奏準，恩賜年老還鄉。”“自罹罪謫獨處困厄中，與妻即睽隔逾十寒暑矣。尚書趙公，指揮高公，太守馮公，長司鄭公及諸鄰友憐其窮苦獨居，皆勸以納妾。”言辭之間雖充滿怨氣，但對“罹罪”的真相卻又不置一辭。而前人對此說法不一，較有代表性的是如下兩種說法。一爲郎瑛的《七修類稿》所云：“藩屏有過，先生以輔導失職，坐系錦衣衛。”一爲蔣一葵《堯山堂外紀》所云：“以詩禍編管保安。”此外還有其它一些說法，與此大同小異而已。其實，這兩種說法是可以統一起來的。
瞿佑之《歸田詩話》下卷“和獄中詩”條雲：“永樂間，予閉錦衣衛獄，胡子昂亦以詩禍繼至，同處囹圄中。子昂每誦東坡《系御史臺獄》二詩索予和焉。予在困吝中，辭之不獲，勉爲用韻作二首。”其中有兩句詩說，“一落危途又幾春，百狀交集未亡身”，反映了瞿佑在獄中的真實心境。這段話中最值得注意的是“胡子昂亦以詩禍繼至”一句。瞿佑在此明確無誤地點明瞭自己罹罪的緣由是“詩禍”。倘我們聯想到明初統治者大興“文字獄”的現實政治環境，瞿佑由詩而惹禍的命運，似乎也並不難以理解。問題在於：瞿佑是如何遭致“詩禍”的呢?有人懷疑他有反叛朝廷之意，似乎不確，從上引瞿佑的“自注”來看，他在“詔獄”期間，雖曾失去人身自由，但仍能“自汴梁起取家小十二口至此”，還“蒙撥房屋居住”，其物質待遇還算可以，與反叛朝廷的“政治犯”有顯著的判別。他僅僅是因爲“輔導失職”而被“坐系錦衣衛”的。而這“輔導失職”，實也和周王朱橚有關。
張益《詠物新題詩序》得知，瞿佑在青年時期(元末明初)，因明經而被薦爲訓導，曾在仁和、臨安、宜陽等地任職。大約在洪武十一年(1378)他三十二歲時，在仁和縣結識了周王朱橚以後，兩人交往比較密切。如朱橚編有《袖珍方》四卷，專錄民間治病藥方，而瞿佑也著有《俗事方》一書，專事輯錄“民家必備”及“治生”之良方。此書今存，入藏日本東洋文庫。據明正德刊本《袖珍方》之朱《序》雲：“予當弱冠之年，每念醫藥可以救夭傷之命，嘗令集《保生餘錄》、《普濟》等方。”此“弱冠之年”，恰系他在杭州時和瞿佑相交之期。值得注意的是《千頃堂書目》卷十四著錄了李恆的《袖珍方》四卷，其注云：“恆字伯常，合肥人。洪武初，周府良醫，奉憲王(引者按：誤，應爲“定王”)命集。恆，永樂間致仕，王親賦詩以餞，命長史瞿佑序其事。”可見瞿佑和朱橚之間的關係非同一般。然而，這位周王朱橚不是個安分守己之人。據《明太宗(永樂)實錄》記載，他曾因編《元宮詞》忤觸皇旨，並且因護衛“拘軍民商旅之舟裝運王府米麥”等事得罪權貴。《明太宗實錄》卷七十八“永樂六年四月”條下說：“戊子，欽天監奏木星犯諸王星，上曰：‘前月木星犯諸王星，今復然。’天道不爽。遂悉賜諸王書，俾警省。有告言肅王木英聽百戶劉成言，輯罪平源衛軍者，上曰：‘此下人所爲，未必盡出王意。’敕王械成等送京師，因顧侍臣曰：‘王居深宮，豈得悉聞外事!皆由左右小人作威福，於其所好惡者，造飾譭譽於王前。王與之狎暱有素，更不察其是非而一意從之。今過則皆於王矣。故讒佞，德之蠢也，林無蟲有木，左右無讒佞有美德，不可不去。”出於家屬利益的考慮，永樂皇帝在表面上雖然維護了周王的威信，但他心裏一定對朱極其不滿：“今過則皆於王矣。”爲此，他對當時的皇室以及諸王之側作了一次嚴厲的整肅。根據明代的法律，凡諸王有失，其過則在長史。其時，以長史之職伺奉在周王朱橚左右的瞿佑以“輔導失職”之罪，而趁其“進周府表至京”之際，把他“拘留錦衣衛”，也是十分自然的事。
