元龜三年，武田信玄決意上洛，人在海津城的昌信也接到動員令，武田軍於東海道和德川家交手的三方原合戰中大獲全勝，但無奈的是，此時的信玄因爲多年肺癆再加上年老力衰，雖有鴻圖之志仍敗於命運之神，戰陣之苦使信玄的健康急遽惡化，他的身體每況愈下，最後武田家重臣決定返回甲斐，但病重的信玄還未見到自己的家鄉便在半路上撒手歸天，逝於信州駒場。信玄猝逝，昌信一度悲傷地想切腹殉主，多虧信玄的異母弟一條信龍成功勸阻。
在信玄死後，勝賴大量起用以前他在信濃國時身邊的近臣，對信玄時代的老臣以尊而不敬的心態一一架空，特別是高阪昌信，當年武田家變嫡子武田義信心生叛意時，昌信和馬場信房、內藤昌豐等重臣都多主張再給義信一次機會，也因此令武田勝賴生出"他們都看不起我"的心態而與一衆老臣之間始終存有芥蒂。
天正二年，繼任家督之位的武田勝賴攻下了連信玄生前亦強攻不落的遠江高天神城，一時武田家士氣大振。當躑躅崎館的勝賴舉杯慶賀時，正在海津城駐守的高阪昌信心生感嘆地說出一句：「這或許就是武田家滅亡的先兆也說不定。
不料在短短几個月後高阪昌信的這句就得到了實證。天正三年，長筱會戰爆發，勝賴再度出兵三河國、遠江國攻打德川氏，當時爲了防備上杉氏的來襲所以昌信仍是率領一萬武田軍鎮守北信海津城，但他還是讓親子高阪昌澄送至勝賴身邊隨軍參戰。
最後在38000織德聯軍和他們的3000支國友鐵槍及拒馬防柵下，武田軍受到了毀滅性的嚴重打擊，一干自信玄時代便威揚四方的名將皆在此一役陣亡，武田四名臣中除了留守的高阪昌信外，山縣昌景、內藤昌豐、馬場信房三人先後戰死，真田信綱、真田昌輝、土屋昌次、三枝守友、小幡信貞等重要將領也悉數歿於疆場。然而對昌信打擊最大的就是親生子高阪昌澄的死訊。但是高阪昌信很快由喪子的悲傷中醒悟，迅速帶兵八千運送大量補給品去迎接勝賴的敗兵。
爲了保存危若風中殘燭的武田家，爲了報答信玄的知遇之恩，昌信冒着生命危險硬闖入勝賴的居館向他進言，提出四點意見以盼勝賴能重建武田家威名。一是重建家臣團，放逐跡部勝資及長阪長閒，起用真田昌幸跟曾根內匠。二是處罰在長蓧之戰中逃脫的武田親族。三是內政建設，以圖恢復重創的國力。四是擴展外交，與北條結姻以加強甲相同盟。可悲的是這四點中勝賴除了迎娶北條氏康之女鞏固外交，其它三點都未做到。
長筱合戰後，身爲武田家重臣中碩果僅存的元老，他不得不耗盡他餘下不多的人生來爲武田家鞠躬盡瘁，先是盛大舉行信玄的祭拜儀式以誇耀本家實力讓敵國不敢輕舉妄動，再來派出醫師敬滅與素來對丈夫德川家康與織田信長結盟而感到不滿的築山殿夫人密通以拉攏家康嫡子德川信康，離間兩家的關係，然後爲勝賴向北條氏政求親，迎娶其妹爲新正室以堅固雙方的盟約。
天正六年，高阪昌信在駐地海津城劃下了他人生的句點，享年五十二歲，可惜他終究未完成復興武田家的大業，武田家還是於天正十年在甲斐國的天目山上步入歷史。
