萬曆十一年(1583)，建州右衛的王杲和兒子阿臺反叛明朝，明遼東總兵李成樑圍剿古勒寨，把努爾哈赤的祖父覺昌安和父親塔克世父子給誤殺了。努爾哈赤異常憤怒。雖然明朝給了他30匹馬，30道敕書，並讓努爾哈赤承襲建州左衛都指揮使一職。但是，這些終難平復他心中的怒火，努爾哈赤用他祖父留下的十三副兵甲，拉起了一支隊伍，在赫圖阿拉起兵。
一天，努爾哈赤經過葉赫寨，葉赫的首領揚吉努提出，要把自己的小女兒嫁給他，努爾哈赤答應了。不久，揚吉努兄弟因觸犯明朝，被朝廷設計誘殺。他們的兒子布齋和納林布祿分別繼爲貝勒。萬曆十六年(1588)，揚吉努的兒子納林布祿實踐其父生前許下的婚約，把14歲的妹妹送給努爾哈赤爲妻。揚吉努的小女兒就是葉赫納拉氏，名孟古姐姐。據說，孟古姐姐面如滿月，丰姿妍麗，莊敬聰惠，詞氣婉順，得譽不喜，聞惡言愉悅不改其常，不好諂諛，不信讒言，耳無妄聽，口無妄言，不預外事，殫誠畢慮侍奉努爾哈赤。這可能有溢美之辭，但是至少說明孟古姐姐確實端莊、賢惠，要不然她也不可能得到努爾哈赤那樣多的寵愛。她生下了皇太極，皇太極繼位後被追諡爲孝慈高皇后。 葉赫與建州聯姻時，儘管可能有些私心，但至少表明那個時候兩個部落、兩個家族的關係還是融洽的。
努爾哈赤起兵以後，一路勝利進軍，勢力逐漸壯大。葉赫感到自己的優勢受到了威脅。再者，明代與女真的貿易往來頻繁，以開原爲貿易基地，女真各部的馬匹、貂皮、參、鬆、榛、蘑菇等重要物產，關內各省的手工業產品都在這裏交易，沿途的烏拉、輝發等部就可以憑藉地理優勢從中取利。尤其是葉赫、哈達兩部，葉赫市在鎮北關，稱北關，哈達市在開原的廣順關，稱爲南關，一北一南，穩享開原貿易之利。努爾哈赤起兵以後，掐斷開原與北方各部的通道，這給南北兩關的經濟都造成了嚴重影響，兩地蕭條了下去。 但是此時在葉赫首領看來，努爾哈赤還羽翼未豐，勢力不夠強大，扼制其勢頭還是可以做到的。於是派了兩個使者去跟努爾哈赤說，你的地多，我的地少，你把額爾敏、扎庫木兩個地方任選一處分給我們吧。一路凱歌高唱的努爾哈赤哪裏受得了這樣的待遇，火冒三丈，下令驅逐了兩個使者。
葉赫覺得憑藉自己一部的力量太單薄，不能壓服努爾哈赤，於是聯合哈達和輝發，共同遣使去向努爾哈赤施加壓力。儘管葉赫是努爾哈赤妻子的孃家，但是努爾哈赤絲毫沒有屈從，不屑地說，我的父祖被明朝殺了，他們不但將我父祖的遺體還給我，還給我敕書、馬匹，又授予我左衛都督，不久又授予我龍虎將軍，每年給我金幣。你們的父親也被明朝殺了，可是你們收了他的遺骸嗎?努爾哈赤說得慷慨激昂，並將這個意思寫成書信，派人去當着納林布祿兄弟的面宣讀。這下，葉赫知道勸說是根本沒有用的。 於是，萬曆二十一年(1593)，葉赫派兵襲擊建州的村寨。但努爾哈赤沒有退縮，他率軍進攻了哈達部的富爾佳齊寨，並且大獲全勝。同年九月，葉赫又糾結了哈達、烏拉、輝發、朱舍裏、納殷、科爾沁、錫伯、封爾察，一共九部，兵力多達三萬，兵分三路，向建州的古勒寨挺進。行軍到達古勒山，努爾哈赤用計誘敵，擊敗了葉赫九部聯軍，大獲全勝。葉赫首領之一的布齋被殺。納林布祿見其兄被殺，嚇得跌下馬來，被手下救了回去。有人說，後來納林布祿向努爾哈赤要布齋的屍體，努爾哈赤仇恨已極，親自將布齋的屍體割下一半，給了納林布祿。納林布祿受了這等侮辱，日夜啼哭，不久就抑鬱而死了。從此，葉赫與建州結下了不共戴天的仇恨。 經過這次戰爭，努爾哈赤殺敵4000人，繳獲戰馬3000匹，鎧甲1000副，增強了自己的實力。葉赫部的布齋和納林布祿死後，布齋的兒子布揚古、納林布祿的弟弟金臺石繼爲貝勒。
萬曆二十五年(1597)，布揚古表示願意將他的妹妹嫁給努爾哈赤爲妻，金臺石也表示願意將女兒嫁給努爾哈赤的兒子代善爲妻。葉赫想通過再次結爲姻親，改善與建州的關係。但是，仇恨實在太深了，以至於連表面上的妥協都很難做到。金臺石回想起兩個哥哥的慘死，就沒有辦法打開心中的結，最後將許給代善的女兒嫁給了蒙古喀爾喀部貝勒介寨，違背了盟約。
萬曆三十一年(1603)九月，因心愛的妻子孟古姐姐，也就是皇太極的母親病危，想見自己的母親，努爾哈赤特遣使到葉赫迎接岳母。金臺石不允許，只派了孟古姐姐乳母的丈夫南太前往探視。努爾哈赤非常氣憤，斥責葉赫：無故搶掠屬於我的布察寨，又率九姓之國，合兵進攻我。兵敗之後你們自認伏輸，殺牛馬祭天地，欲結爲婚姻。但是卻背棄盟約，將許給我國的女兒嫁給了蒙古。現在我的大妃生了病，想和自己的母親見最後一面，你們竟然不許!連這麼一點點關係也要斷絕嗎?並宣佈從此我們兩國又是仇國了，他將向葉赫興師問罪，搶奪城池。孟古姐姐不久去世，努爾哈赤極度悲傷，三年之後才下葬，葬於尼雅山崗。建州與葉赫的仇恨又增加了一層。
萬曆三十二年(1604)，孟古姐姐去世後的第二年，努爾哈赤出兵攻打葉赫，拿下了兩個城池、七個村寨，俘獲了2000多人。萬曆四十一年(1613)正月，努爾哈赤消滅了烏拉，烏拉貝勒布佔泰逃往葉赫。努爾哈赤多次索取，葉赫置之不理。九月，努爾哈赤率軍四萬進攻葉赫，攻下了大小城池、村寨19處，全勝而歸。
