鰲拜的驕橫在清代權臣中是罕見的，或許只有雍正初期的年羹堯勉強可以比擬。在朝賀新年時，鰲拜竟身着黃袍(黃色是帝王之色，着黃袍是相當跋扈的僭越之舉)，僅帽結與康熙不同。不僅如此，他甚至可能暗藏謀殺康熙、發動政變的禍心。昭槤《嘯亭雜錄》記，有次鰲拜稱病在家，康熙去宅中探望。鰲拜臥於牀上，席下悄置利刃一柄。康熙侍衛搜檢出兇器，場面頗爲緊張，康熙卻於不動聲色間消弭危機，他笑着說：刀不離身是滿洲故俗，你們不必大驚小怪。
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任何一個稍有抱負的帝王，都不可能容忍鰲拜這種權臣。康熙開始謀劃剷除鰲拜。康熙八年(1669年)，康熙與近臣索額圖密謀，支開京城中鰲拜的親信(主要是軍隊將領與警備骨幹)，隨後又安排自己的親信掌握了京師衛戍部隊的指揮權。在鰲拜入朝時，康熙密令庭前布庫少年們(布庫是滿族的一種摔跤遊戲)將之生擒下獄，並宣佈鰲拜三十條罪狀，本應處革職、斬立決，但康熙帝念其往日功勳，將其免死禁錮。
據法國傳教士白晉記載，鰲拜被擒後，請求覲見康熙，露出其爲救皇太極(康熙的祖父)而留下的累累傷疤，喚起康熙的憫恤之情，終於得保性命。不久，鰲拜在禁所死去，死因至今未有定論。
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值得注意的是，鰲拜的覆滅，不是他一個人的覆滅。絕大多數權臣的周圍，都會形成一個以其爲核心的利益集團。鰲拜的利益集團，勢力盤根錯節，深入政體骨髓，從軍隊到皇家侍衛，從中樞三院六部到地方督撫大員，均爲其滲透乃至控制，所謂“文武各官，均出其門下”。
鰲拜被擒後，其黨羽也或死或革。不過，鰲拜集團的覆滅，並沒經過軍事流血，也未引發社會重大騷動，故而有人評論康熙處置鰲拜案說：“聲色不動而除巨惡，信難能也。”
康熙固然是一代政治強人，但滅鰲拜集團而不引發政體或社會鉅變，也並非全因他的英明神武、雄才大略。當知，在皇權時代，不論某人如何位極人臣，他的權勢都必須依靠皇權的庇護才能存在。權臣的合法權力來源，只能是經由皇權授予、確立和保障，即使權臣可以偶爾超出皇權的管轄和約束範圍，但他終究還是不可能另立門戶、改變江山的顏色。
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如此看來，權臣與皇帝之間的鬥爭，只是上層政治人物的角力遊戲，它關涉到高層權力的再分配，是有中國特色的內閣重組，順便也對民衆進行公關教育，但對整個國家的走向、政體的變革、民衆的福祉，並無太大影響。
