天啓七年(1627)八月，熹宗病死，臨死前指定他的弟弟，十七歲的信王朱由檢即位，在熹宗的張嫣皇后支持下，信王順利登基，是爲崇禎皇帝。
崇禎皇帝以靜制動，以不變應萬變。魏忠賢見崇禎對自己不冷不熱，於是想投石問路，在9月25日自己上了一道《久抱建祠之愧疏》，請求停止建造魏忠賢生祠活動，崇禎提出以後不建了，在建的就繼續吧。隨後，崇禎把他哥哥天啓帝的奶媽客氏，也是魏忠賢的對食(名義的上夫妻)請出了皇宮，這一舉動名正言順，魏忠賢不好反對。這兩個回合，崇禎既穩住了魏忠賢，防止其狗急跳牆，鋌而走險，又向朝廷內外表明瞭態度，新皇帝已經開始親自處理朝政，不再放手給魏忠賢。
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朝廷中的政客嗅到了不同的味道，都察院右副都御史楊所修上書彈劾魏忠賢黨羽，兵部尚書崔呈秀等人的父母去世未丁憂，有悖於“以孝治天下”，請求崇禎准許他們回家盡孝。同時也批評吏部尚書周應秋在這件事情上沒有盡責。按明朝慣例，官員受到彈劾，首先要主動停職，以便接受組織調查，於是崔呈秀等人陸續請求辭官。
崇禎仍然冷處理，既對幾位受到彈劾的魏黨成員進行了慰留，又對楊所修卻沒有任何實質性的處理。進一步向反對魏忠賢的同志們傳遞了可以彈劾魏黨的信號。
處於觀望狀態的官員們開始轉變。御史楊維垣猛烈攻擊兵部尚書崔呈秀。崇禎順勢而爲，同意崔呈秀的辭職回鄉守孝申請。
這個信號明確地告訴大家皇帝已經不待見魏忠賢了。10月22日，工部主事陸澄源直接彈劾魏忠賢，此後，彈劾魏忠賢的聲音此起彼伏，魏忠賢壓力越來越大，終於在1627年10月27日向皇帝提出了“引疾辭爵”的辭呈。11月初，魏忠賢被免去司禮監和東廠的職務，發鳳陽守祖陵。這是一個試探，沒有引起騷亂。於是，崇禎皇帝命錦衣衛擒拿魏忠賢治罪。魏忠賢行至途中，接到密報。當夜，他聽到外邊有人唱道：“隨行的是寒月影，嗆喝的是馬聲嘶。似這般荒涼也，真個不如死”，隨即上吊自殺。
從這個過程可以看出，魏忠賢步步退縮，沒有任何有力的反擊，曾經權傾朝野的“九千歲”，手下有“五虎”、“十狗”、“十孩兒”、“四十孫”，爲什麼毫無招架之功，僅僅3個月就敗在年僅十七歲的皇帝手上?
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主要原因有幾個：
一是掌權時間太短，沒有建立起有力的支持者聯盟。天啓皇帝在位時間僅7年，魏忠賢在前5年還在跟東林黨斗的不可開交，等他地位穩固了，大肆分封黨羽的時候已經是天啓5年了，形式上雖然支持者遍天下，但他的核心黨羽還沒有完全控制局面，驟然越過很多同僚升到高位，多少同僚看着眼熱，矛盾大量存在。就像崔呈秀雖然是兵部尚書，但未必能夠調動一兵一卒。魏忠賢本人雖掌控廠衛，但爲時尚短，他此前又除掉顧命太監王安，恐怕也得罪很多人，廠衛也未必死心塌地跟他走。而且魏忠賢的黨羽基礎是不牢固的，投靠他的大臣們，大多是跟東林黨不對付的失意者，與魏忠賢本人之前沒有交集，也並沒有盤根錯節的複雜聯繫，在危機時刻，能否支持他有很大疑問。
二是制度起了作用。明代朝廷的權力機制主要是靠票擬和批紅實施的，票擬歸於內閣，批紅歸於皇帝或授權的太監。魏忠賢在熹宗朝也只是在熹宗的充分信任和授權下，部分拿到了批紅的權力，當熹宗干預時，魏忠賢也不敢公開違抗，像熹宗保護皇后和信王，並最終傳位給信王等重大決策都是熹宗自己做出的。崇禎即位後，以自然而然的方式收回了批紅權力，魏忠賢就成了擺設。
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三是缺乏政治眼光，不敢冒險。作爲一個太監，魏忠賢只想舒舒服服過日子，當崇禎步步緊逼時，看不出自己沒有後路，只能孤注一擲奮起反擊，對於頭號心腹崔呈秀，甚至都沒有力保，崔呈秀的倒臺引發了連鎖反應，使他自己的支持者跟他劃清界限，大量倒戈甚至落井下石。
網上爲魏忠賢翻案的聲音絡繹不絕，甚至有魏忠賢不死，明朝不亡的說法。但從他應對崇禎的行動來看，他的政治才能是不足的。
