早年經歷
司馬衷生於曹魏甘露四年(259年)。泰始三年(267年)正月丁卯日，司馬衷被立爲皇太子，時年九歲。泰始八年(272年)二月辛卯日，司馬衷奉晉武帝命娶賈充的女兒賈南風爲太子妃，賈南風當時十五歲，年長司馬衷兩歲。
登基
(290年)四月二十日，晉武帝去世，皇太子司馬衷即位，是爲晉司馬衷，大赦，改年號爲永熙。尊繼母皇后楊芷(楊豔的堂妹)爲皇太后，立妃賈南風爲皇后。同年五月十三日，葬晉武帝於峻陽陵(今河南省偃師南蔡莊北)。
五月十八日，增加天下官位一級，參與晉武帝喪事的增加二級，免除百姓租稅一年，二千石以上的官員都封爲關中侯。以太尉楊駿爲太傅，輔佐朝政。八月二十六日，立子廣陵王司馬遹爲皇太子，以中書監何劭爲太子太師，吏部尚書王戎爲太子太傅，衛將軍楊濟爲太子太保。派遣南中郎將石崇、射聲校尉胡奕、長水校尉趙俊、揚烈將軍趙歡將屯兵四出。後在291年正月改元爲永平。晉司馬衷當政後非常信任他的皇后賈南風。因此賈氏專權，甚至假造晉司馬衷的詔書。永平元年(291年)，迫害皇太后，廢其太后位，殺大臣如太宰司馬亮。同年又殺皇太后於金墉城。
元康四年(294年)和元康六年(296年)匈奴和其他民族反叛，氐人齊萬年稱帝，一直到元康九年(299年)這次反叛才被消滅。同年，賈南風開始迫害太子遹，首先廢他的太子地位。[13]次年殺太子。這個舉動成爲許多反對賈后專政的皇族開始行動的起點。趙王司馬倫假造詔書廢殺賈后，殺大臣如司空張華等，自領相國位，這是八王之亂的開始。恢復原太子的地位，立故太子之子司馬臧爲皇太孫。
永康元年(300年)八月，淮南王司馬允舉兵討伐司馬倫，兵敗被殺。同年十二月，益州刺史趙廞協同從中原逃到四川的流民在成都造反。
永寧元年(301年)，司馬倫篡位，自立爲皇帝，司馬衷被改爲太上皇，太子司馬臧被殺。三月，齊王司馬冏起兵反司馬倫，受到成都王司馬穎、河間王司馬顒、常山王司馬乂等的支持。司馬倫兵敗。淮陵王司馬漼殺司馬倫的黨羽，驅逐司馬倫，引司馬衷復位。司馬倫被殺。五月，立襄陽王司馬尚爲皇太孫，並以羊獻容爲皇后。六月，東萊王司馬蕤謀推翻司馬冏的專權，事漏被廢。十二月，李特開始在四川反晉，這是成漢的起點。
太安元年(302年)，初皇太孫司馬尚夭折，司馬覃被立爲太子。五月，李特在四川擊敗了司馬顒派去討伐他的軍隊，殺廣漢太守張微，自立爲大將軍。
十二月，司馬穎、司馬顒、新野王司馬歆和范陽王司馬虓在洛陽聚會反司馬冏的專政。司馬乂乘機殺司馬冏，成爲朝內的權臣。
太安二年(303年)三月，李特在攻成都時被殺，但四月他的兒子李雄就佔領了成都，到年末，李雄幾乎佔領了整個四川盆地。五月張昌、丘沈反，建國漢，殺司馬歆。八月，司馬穎和司馬顒討伐司馬乂。十月，司馬顒的軍隊攻入長安，在此後的洗劫中上萬人死亡。此後兩軍在長安城外對陣，連十三歲的少年都被徵軍，同時兩軍都徵募匈奴等的軍隊。最後司馬乂兵敗被殺。司馬顒成爲晉朝舉足輕重的人物。
