1644年(崇禎十七年)正月，李自成在西安稱帝，建國“大順”，三月十九日清晨，兵部尚書張縉彥主動打開正陽門，迎接大順軍，李自成由太監王德化引導，從德勝門入，經承天門步入內殿。崇禎帝前往景山自縊，史稱甲申之變。李自成下令將朱由檢“禮葬”，葬于田貴妃墓中。
京師失陷，天子殉國，明朝宗室及文武大臣多輾轉向南。此時大順國據有淮河以北原明朝故地，張獻忠的大西政權據四川一帶，大清據有山海關外的現今東北地區，且控制蒙古諸部。
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李自成攻佔北京和崇禎皇帝的自盡，標誌大明王朝的覆滅。但淮河、長江以南的廣大地區仍然是明朝政府的屬地，而且尚有五十萬大軍。
陪都南京，作爲明朝發祥地，有現成的一套朝廷大臣及其健全的機構，所以很快就形成了南明政府的政治和文化中心。但惟一缺少的就是亟需要找一個皇帝。
最終福王朱由崧在盧九德的幫助下，獲得了高傑、黃得功、劉良佐、劉澤清以及鳳陽總督馬士英的支持，成爲最終勝利者。五月初三，朱由崧監國於南京，五月十五日即皇帝位，改次年爲弘光元年，意思是弘揚光大，重振明室，再度中興。南明時代開始。
朱由崧是明神宗朱翊鈞的皇孫、福王朱常洵的長子。朱翊鈞當年本來一心想由朱常洵來繼承他的皇位，但終因拗不過李太后的懿旨，最後還是由長子朱常洛來接他的班。這樣一來，朱常洵就只有帶着他的兒子朱由崧去封地當王爺了。雖然他父子曾幾番作亂，但都被繼位的朱常洛一一擊敗了，只好俯首稱臣。
李自成攻破洛陽，老福王朱常洵被亂軍俘殺，他的兒子朱由菘跑得快，這才僥倖逃離險境，開始了他顛沛流離的生活，他本來壓根兒就沒想過，自己會當上皇帝，但哪知時來運轉，陰差陽錯地又被人推上了皇帝的寶座。
不久，吳三桂降清，引清軍入關擊潰大順軍隊，李自成先後丟失北京和西安，退往湖北。
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1645年(弘光元年)三月，多爾袞將軍事重心東移，命多鐸移師南征。
從當時來看，西自長江武昌以南，東迄黃河下游一帶，半壁錦繡河山，都在南明的掌控之中。且尚有五十萬軍隊，且物產豐富，有充足的資源，物力財賦也超過了清軍剛入關時的實力，也遠勝於當年南宋的狀況。又有文臣武將和忠於太明的子民，應該說中興不是沒有可能的。當年南宋尚能偏安百年，何況今日堂堂大明。
新朝初建，重建軍事力量是迫在眉睫的事：招收潰兵、流寇及定策之兵等基礎上，開始軍事重建之路，最終形成幾支較強大的支撐本政權的軍事力量存在。
從來守江南者必於江北，當酌地利設四藩：以淮、揚、廬、泗自守，而以鳳、徐、滁、六爲進取之基;督師史可法駐揚州，居中調遣。
這種地緣和財賦的優勢，迫使多爾袞曾一度想實行“南北分治”。
可見，弘光政權完全是可以大有作爲的。然而，偏偏朱由崧十分昏庸腐朽，只知吃喝玩樂，整日沉湎於酒色之中，不理朝政，再加上一大幫只顧內耗和爭權奪利的臣工，所以南明在一瞬之間改變了方向。
朱由崧即位後，下令選淑女入宮，派宦官於南京城中四出搜巷，凡是有女之家，必以黃紙貼額，持之而去，南京城中騷動。朱由崧又下令修西宮西一路爲慈禧殿，以安置繼母鄒太后。當年八月鄒太后自河南至南京，八月十四日諭戶、兵、工三部“太后光臨，限三日內蒐括萬金，以備賞賜”。
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弘光皇帝爲了及時行樂，加倍地貪淫好色玩女人，光靠自身的能量是不足以應付這種超常的消耗的，必須藉助於春藥。
朱由崧對選送到宮裏的美女，他專挑年幼的陪他玩，據史料記載，有一天晚上，他豪飲大醉後，將兩名幼女肆意蹂躪，活活將他們折磨死了。
事實上，馬士英、阮大鋮等以擁戴有功，把持朝政，起用閹黨餘孽，貪贓枉法，與高弘圖等東林餘黨針鋒相對，及史可法、左良玉、錢謙益等文臣武將們，也忙於黨禍內訌之爭。
清順治二年正月，興平伯高傑被暗降清軍的河南總兵許定國誘殺，巡撫越其傑、參政袁樞和巡按陳潛夫隻身返金陵。清軍迅速南下，連續破徐州，渡淮河，兵臨揚州城下。
大清豫親王多鐸指揮軍隊血洗揚州十日、嘉定三屠。
直到鎮江失守後，朱由菘才慌忙朝蕪湖方向逃竄，但不久，即被已降清的田雄等人活捉，當即被押回南京。圍觀的市民，都指着他唾罵不止，恨不得一口吃了他。
不久，朱由菘被解送到北京。多爾袞聽說朱由崧被押到北京來了，有人問他見與不見。多爾袞說，：“這種東西，還是不見爲好。”然後揮手說，“殺了他。”
至此，才一年的南明弘光政權滅亡了。
