宋申錫生年不詳，在《新唐書》中，他的家族被稱爲廣平(今河北邯鄲)宋氏，他本人的傳則稱這一脈的起源已失考。他的祖父爲同中書門下平章事(宰相)宋璟，父親宋成，娶韶關張九齡(唐朝宰相、詩人)次女爲妻。
宋申錫早年喪父，家境貧寒，但文才很好。中進士後，他在祕書省任校書郎。816年，失寵的宰相韋貫之因反對唐憲宗對藩鎮作戰而被罷相、逐出長安改任湖南觀察使後，邀請宋申錫做他的從事。此後宋申錫就在藩鎮工作。
唐穆宗、唐敬宗年間
唐穆宗長慶(821年- 824年)初年，宋申錫任監察御史。822年，任起居舍人。826年，唐敬宗在位，他任禮部員外郎，很快又任翰林侍講學士。據記載，宋申錫行事謹慎，不結黨，與朝廷官員間激烈的黨爭形成對比，他的升官是爲了讓別人學習。
唐文宗年間
827年，敬宗被弒，弟唐文宗繼位。宋申錫任戶部郎中，參與起草詔書。828年，任中書舍人、翰林學士。
當時，文宗忌憚權閹，認爲是宦官害死了他的祖父憲宗和兄長敬宗。掌握神策軍的王守澄是一個大權閹，他的助手鄭注公開受賄，令文宗很不快。文宗相信宋申錫的忠誠和謹慎，認爲可以和宋申錫商量，並藉機私下命他將一些官員組成團體，合作奪王守澄的權，並許諾封他爲宰相。830年，宋申錫任尚書左丞，隨後任同中書門下平章事，實際相當於宰相。由於他的良好聲譽，很多人希望他拜相，但從他的行爲看，他的能力其實不足。
作爲清除權閹計劃的一部分，831年，宋申錫推薦王璠任京兆尹，並祕密向王璠透露了文宗的計劃。但王璠泄密，使王守澄和鄭注有所警覺。鄭注指使神策軍將領豆盧著誣指宋申錫和漳王李湊圖謀推翻文宗，立李湊爲帝。當王守澄將豆盧著的彈劾報告給文宗時，文宗震驚了，信以爲真，下令調查。王守澄希望神策軍立刻將宋申錫滅門，但被內官馬存亮制止。文宗也立刻下令召集所有的宰相。當宋申錫、路隨、李宗閔、牛僧孺都來到宮門時，一個宦官說宋申錫不在被召之列。宋申錫便知道自己一定是獲罪了，用笏板敲頭，回家待罪。當他回府時，夫人說：“你是宰相，位極人臣，爲什麼要背叛天子而謀反呢?”宋申錫答：“我承蒙皇上厚恩，當上宰相，不能鋤奸臣亂黨，反被羅織罪名陷害，夫人看我宋申錫像是謀反的人嗎?”於是夫婦一同哭泣。
謀反案件
其餘三位宰相在延英殿見了文宗，看了王守澄的奏報，也震驚了，一言不發。同時，文宗命王守澄逮捕豆盧著所指控的同謀者漳王的宦官晏敬則和宋申錫的侍從王師文。晏敬則被抓，王師文逃走。
2天后，宋申錫被貶爲太子右庶子。沒人敢公開說他是被誣告的，京兆尹崔琯、大理卿王正雅奏請審案，才使事件沒有進一步升級。經過審訊，晏敬則稱宋申錫事先派王師文聯絡漳王，商議謀反。
又2天后，文宗召集高級官員詢問意見。崔玄亮、李固言、王質、盧均、舒元褒、蔣系、裴休、韋溫都乞求文宗重新和宰相商議，並由適當的部門來調查。文宗以已和高官商議過爲由拒絕。崔玄亮下跪，哭着說：“處決一個百姓要謹慎，處決一個宰相更要謹慎。”文宗怒氣稍解，重新召集宰相。牛僧孺說：“位極人臣無非宰相，宋申錫已經是宰相，就算謀反成功，他仍然只能是宰相，他謀反圖什麼呢?他肯定沒有謀反。”鄭注擔心宰相的意見勝出，而再次調查會讓真相大白，於是建議王守澄不再堅持處死宋申錫，改爲流放。
第二天，漳王李湊被貶爲巢縣公，宋申錫貶爲開州(今重慶)司馬。據說宋申錫任相期間，拒絕了全國各地的賄賂，當他被抄家時，能抄到的只有他收到和拒絕賄賂的文書，很多人都爲他被流放而傷心。
宋申錫被終身禁止返回長安。833年，他在開州任上去世，文宗允許把他的屍體運回長安安葬。836年，改變立場也開始幫助文宗對付權閹的鄭注在甘露之變中被殺，宋申錫得以平反，追復正議大夫、尚書左丞、同中書門下平章事、上柱國，贈兵部尚書，諡號文懿。他的兒子宋慎微被任命爲城固縣尉。
