秦始皇建政，視天下爲芻狗，荒淫暴虐，民不聊生。特別是“焚書”事件，引起了讀書人的強烈不滿。有兩個儒生，一個姓侯，一個姓盧，《史記》稱之爲侯生、盧生。這兩個人私下議論說：“始皇爲人，天性剛戾自用，滅諸侯，並天下，意得欲從，於是便自以爲自古以來的聖賢誰也比不上他。他高高在上，聽不到批評之聲，日益驕橫;官員們爲了討好他，只能戰戰兢兢地說謊欺瞞。法律規定，方士之術不靈就要被處死。如今方士三百人，都是因爲畏懼而獻諛，誰也不敢指出始皇之過，天下之事無論大小皆取決於皇帝，他竟以秤來稱量大臣們的上疏，大臣們呈上的疏奏(竹簡)每天不足一百二十斤，誰也不能休息。像這樣貪攬權勢的人，我們不能爲他求長生不死之藥。”於是，二人相約而逃。
秦始皇聽說侯生和盧生逃跑了，勃然大怒，說：“我對待盧生這些人不薄，賞賜甚厚，而他們居然在背後誹謗我，說我缺德。我曾派人去問這些在咸陽的儒生，有人告訴我，他們中有人妖言惑衆，擾亂老百姓的思想。”於是，始皇命有關部門逮捕了一些散佈“妖言”的讀書人。這些人在嚴刑拷打之下，互相檢舉揭發，共“咬”出了四百六十多個誹謗過秦始皇的儒生。秦始皇一聲令下，這四百六十多個儒生遂被活埋於咸陽。這就是發生於公元前212年的“坑儒”事件。侯生與盧生本是受秦始皇之命尋仙求藥的方術之士，還不能算是純粹的儒生。他們的逃跑，可能是怕自己找不到仙藥被追究，而他們評論秦始皇的話，卻無不中的。嬴政由他二人的逃跑，而遷怒於咸陽的讀書人，竟一口氣活埋了四百六十多人。
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關於坑儒之事還有一說：由於秦始皇把文字統一爲大篆和隸字，“國人多誹謗怨恨”，秦始皇怕天下不從，於是廣召儒士書生到咸陽，共召到七百餘人，全拜之爲郎官。然後，秦始皇密令親信在驪山硎谷的溫暖向陽之處種瓜，等瓜成熟後，正值冬天，乃使人上奏：“驪山竟然冬天長出瓜來了!”秦始皇令諸生前去察看，諸生到谷中之後，正在辯論不已，忽然上面土石俱下，遂皆被壓死。驪山硎谷後來又叫“坑儒谷”，在漢代，這裏叫“愍儒鄉”。有人考證，坑儒谷在今陝西省臨潼西南部五里處，是一個狹長幽深的山谷，實地很符合這個記載。
也有人認爲，秦始皇驪山坑儒一事，其實就是咸陽坑儒的誤記。因爲“驪山坑儒”說僅見於東漢初年衛宏作的《詔定古文尚書序》，而且也沒有註明出處。其餘古籍，均無此記載。但是，衛宏是漢光武帝時的著名學者，是治學嚴謹的史學家、訓詁學家。他在這篇序言中披露此事，以他的治學態度，應該不是信口開河。況且，《史記》記載的秦始皇咸陽坑儒與衛宏所記驪山坑儒在地點、人數、坑埋方式上都不同。如此說來，秦始皇之坑儒，至少有兩次。
至於“坑儒”一詞，則出現在西漢初年的典籍中，此時距秦始皇死後已經一百多年。
西漢始元六年(前81年)，桑弘羊在著名的鹽鐵會議上舌戰羣儒，道：“諸生闒茸無行，多言而不用，情貌不相副。若穿逾之盜，自古而患之。是孔丘斥逐於魯君，曾不用於世也。何者?以其首攝多端，迂時而不要也。故秦王燔去其術而不行，坑之渭中而不用。”在桑弘羊的眼裏，儒生們只知誇誇其談而不切實際，表裏不一，就像那些雞鳴狗盜之徒一樣，自古以來就是禍害。因此魯國國君將孔丘驅逐，棄之不用，就因爲他首鼠兩端，貌似圓滑其實迂腐，並沒有切合實際的主張。所以秦始皇才燒掉儒生們的著作而使其言論不得傳播，寧願將他們活埋也不任用。
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之後，劉向在《戰國策序錄》中明確說明秦始皇“坑殺儒士”。出現於魏晉時期的僞《古文尚書》有篇“孔安國序”，序中說：“及秦始皇，滅先代典籍，焚書坑儒，天下學士，逃難解散。”這大概是“焚書坑儒”一詞的最早出處。正因爲“坑儒”一說最早出現在西漢時期，所以許多人便替秦始皇翻案。如章太炎、顧頡剛等人，認爲秦始皇並沒有坑過儒，他坑的其實是“方士”。
司馬遷在《史記·儒林列傳》中的確說秦始皇“焚詩書，坑術士”，而且還透露誹謗秦始皇的侯生與盧生並非儒士，而是兩個專門替秦始皇尋找長生不老藥的“方士”。況且，“坑儒”是秦始皇去世一百多後纔出現的說法，於是有人說“坑儒”應是西漢文人出於對秦始皇暴政的憤怒而強加給他的不實之詞。但是，那些給秦始皇翻案的人忽略了《史記·儒林列傳》的一個細節。秦始皇“焚書坑儒”之後，其長子扶蘇諫道：“天下初定，遠方黔首未集，諸生皆誦法孔子，今上皆重法繩之，臣恐天下不安。唯上察之。”他的意思是說，如今天下初定，遠方的人民未必心服。這些儒生都是學習孔子的，陛下這麼嚴厲地懲罰他們，我怕天下百姓因此而恐懼不安。此時的秦始皇根本聽不進逆耳之言，聞諫大怒，把扶蘇趕出咸陽，讓他到北方蒙恬的軍中做監軍。此舉，導致了後來的沙丘之變。
司馬遷在詳細記載秦始皇咸陽坑儒一事時，只是籠統地說是“諸生”，並未明確說明坑的都是儒生。扶蘇在進諫時，把“諸生”的意思給解釋明白了：“諸生皆誦法孔子。”也就是說，“諸生”是儒家代表人物孔子的徒子徒孫，是孔門弟子，指的就是儒生。
當然，因爲秦始皇喜鬼神之事，派人到處求仙藥，於是有一些儒生便投其所好，搖身一變成爲方術之士，藉此博取榮華富貴。秦始皇坑掉的“諸生”中，很可能包括許多方士化的儒生，所以司馬遷才說秦始皇“焚詩書，坑術士”。不管怎麼說，當時的方術之士大多數也是些讀書人，可算是準儒生。由“諸生皆誦法孔子”可知，秦始皇所坑掉的“諸生”中，固然有一部分術士，但大多數是“誦法孔子”的儒生。說秦始皇“焚書坑儒”，並沒有冤枉他。
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如果說秦始皇坑殺的都是些裝神弄鬼、招搖撞騙的方術之士，這個事件對儒生們的打擊可能不會那麼沉重，所造成的社會影響恐怕也不會那麼惡劣。事實是，“焚書坑儒”事件之後，儒生們紛紛站到了秦始皇的對立面，有的甚至公開參加了反秦起義軍。司馬遷在《史記·儒林列傳》中說得很明白：“及至秦之季世，焚詩書，坑術士，六藝從此缺焉。陳涉之王也，而魯諸儒持孔氏之禮器往歸陳王。於是孔甲爲陳涉博士，卒與涉俱死。陳涉起匹夫，驅瓦合適戍，旬月以王楚，不滿半歲竟滅亡，其事至微淺，然而縉紳先生之徒負孔子禮器往委質爲臣者，何也?以秦焚其業，積怨而發憤於陳王也。”
在司馬遷看來，秦始皇焚書坑儒，對當時人們研究“六藝”是個致命打擊。陳勝起義之時，山東一帶的儒生毅然參加了陳勝的義軍，孔子的八代孫孔鮒(字甲)就做了陳勝的博士，後來與陳勝一起遇難。陳勝雖不過是一介民工，但在這些儒生的幫助下，不出旬月便建立了自己的政權。儒生們之所以不顧君臣大義紛紛跟隨陳勝造反，就是因爲秦始皇的文化專制主義政策剝奪了他們進行學術研究的權利，使他們無以爲生，忍無可忍，終於追隨陳勝走上了武裝反抗秦朝暴政的道路。秦始皇焚書坑儒，以爲這樣一來可以愚天下黎民，保萬世江山。不料“坑灰未冷山東亂”，距秦始皇坑儒僅四年，秦始皇夢想要“傳至萬世”的基業便土崩瓦解了。
