關於肯尼迪被刺殺的原因有很多說法，但是目前並沒有確切的答案，我爲大家整理了各種角度的看法，以供參考。
中情局論：強大的美國中央情報局(CIA)在幾乎所有陰謀論中都會被提到，特工處、聯邦調查局(FBI)和五角大樓亦如此。陰謀論者認爲，中情局想報復肯尼迪攻打古巴豬灣失敗，也可能中情局害怕被五角大樓奪走權力。
美聯儲論：在遇刺的幾個月前，肯尼迪簽署了一份行政命令，授權財政部發行銀元券。陰謀論者認爲，美國的央行美聯儲由一個國際銀行家祕密組織控制，他們擔心此舉會導致美聯儲的控制權落到財政部長手裏。
古巴論：鑑於古巴和美國之間關係緊張，有人懷疑，要麼是古巴革命領袖菲德爾·卡斯特羅意欲報復對豬灣的失敗入侵，要麼是反卡斯特羅的古巴流亡者對肯尼迪聽任攻打豬灣行動失敗感到憤怒。
黑手黨論：FBI在肯尼迪之弟、司法部長羅伯特·肯尼迪的領導下打擊有組織犯罪活動，據說各主要黑手黨頭目大爲惱火。根據這個推測，黑手黨派傑克·魯比殺死了奧斯瓦爾德，以防他們的陰謀曝光。
約翰遜論：按照這個推測，肯尼迪的副總統林登約翰遜想除掉總統取而代之。還有人猜測約翰遜想隱瞞一起腐敗醜聞，或者是工業大亨出錢讓他殺死肯尼迪，因爲他們覺得約翰遜比肯尼迪更能代表他們的利益。
草丘論：可疑的陰影、嫌疑槍手的輪廓、照片和錄像上的白煙等致使多年來一直有人懷疑除了李·哈維·奧斯瓦爾德以外還有另外一個槍手。據說有錄音資料證明，除了奧斯瓦爾德打出的三槍以外，還有笫四聲槍響。笫四槍應當是從上面射出的，地點是肯尼迪遇刺時所經街道旁的一個小土包。
不明飛行物論：沒有飛碟的陰謀論清單是不完整的。UFO論者聲稱，肯尼迪遇刺是因爲―外星人太感興趣並揚言要公開中情局的祕密計劃。作爲“證據”，他們拿出了據說是肯尼迪在遇刺十天前寫給中情局的一封信，信中要求查閱關於UFO的祕密文件。據說中情局局長回信稱，他那些機密文件交給總統。
克格勃論：當時的冷戰緊張氣氛促使一些人認爲俄羅斯的祕密機構克格勃下令殺死了肯尼迪。槍手奧斯瓦爾德在蘇聯待過兩年，妻子是俄羅斯人，他本人與蘇聯外交官有來往。至今仍有人推測，克格勃招募了奧斯瓦爾德爲其效力，並由他殺死了肯尼迪。
同性戀論：這個推測認爲，肯尼迪是被一個心懷嫉妒的同性戀男子殺死的。前新奧爾良地區檢察官吉姆·加里森宣稱，飛行員戴維·費列是暗殺肯尼迪的主謀。肯尼迪擁有費列所沒有的一切：事業有成、英俊瀟灑、受人歡迎、家境富裕、有男子氣概。加里森認定謀劃刺殺肯尼迪的是一幫同性戀男子，他們純粹只是想讓總統去死並從中取樂。
