馮跋在一次盛大的宴會上，突然發現自己的左臂流血，這讓他感到非常厭惡。中郎王垂講述了一些關於符命的事情，但馮跋告誡他不要再繼續說下去。義熙五年(409年)，高雲被近臣離班和桃仁殺害，馮跋登上洪光門觀察形勢的變化。帳下督張泰和李桑對馮跋說：“這些傢伙囂張得太過分了!請允許我們爲您除掉他們。”於是，他們揮舞着刀劍，李桑在西門殺了離班，張泰在庭中殺了桃仁。衆人推舉馮跋爲領導，馮跋說：“范陽公馮素弗才略非凡，立志平定戰亂，消除兇暴，這都是范陽公的功勞。”馮素弗推辭道：“我聽說過父親或哥哥有了天下，纔將其傳給兒子或弟弟，但從未聽說過兒子或弟弟憑藉父兄的功業先登上帝位。如今王業尚未建立，形勢比大權旁落還要危險，天命不容忽視，王位應在哥哥身上。我希望對上奉行皇天的命令，對下順應百姓的心願。”大臣們極力請求，馮跋才答應，在昌黎自封爲天王，國號仍爲“燕”，史稱北燕，宣佈大赦天下，建立太平年號。
隨後，派遣使者到各郡國進行巡行，觀察風俗習慣。追尊祖父馮和爲元皇帝，父親馮安爲宣皇帝，尊母親張氏爲太后，立妻子孫氏爲王后，兒子馮永爲太子。任命弟弟馮素弗爲侍中、車騎大將軍、錄尚書事，馮弘爲侍中、徵東大將軍、尚書右僕射、汲郡公，堂兄馮萬泥爲驃騎大將軍、幽平二州牧，務銀提爲上大將軍、遼東太守，孫護爲侍中、尚書令、陽平公，張興爲衛將軍、尚書左僕射、永寧公，郭生爲鎮東大將軍、領右衛將軍、陳留公，堂兄之子馮乳陳爲徵西大將軍、並青二州牧、上谷公，姚昭爲鎮南大將軍、司隸校尉、上黨公，馬弗勤爲吏部尚書、廣宗公，王難爲侍中、撫軍將軍、穎川公。其他的官員們也都被授予了官職和職責，各有升遷之位。
不久之後，馮萬泥上表請求讓別人代替自己擔任重要職務，但馮跋說：“我沒有德行，被衆賢推舉爲王，我正希望與兄弟們共同分享喜悅和憂愁。如今各地仍然面臨着災難，守城護國的重任，如果沒有具備良好德行的皇室親屬，誰能承擔得起呢?而且打敗敵人、抵禦侵略、保衛國家，即使有其他人，也不如我的兄弟們出色。無論如何，我不能如你所言。”於是，馮跋任命馮萬泥爲開府儀同三司。
義熙六年(410年)，馮跋發佈詔書說：“漢高祖爲楚義帝舉哀，天下人都歸服於他的仁德。我和高雲從義理上說是君臣，恩德超過了兄弟情誼。應該依照禮儀安葬高雲及其妻子兒女，在韭町爲高雲建立廟宇，設置二十家園邑，每年四季爲他們供奉。”這一舉動展現了馮跋對高雲的敬意和感激之情。
