接上回，劉裕真在坐着清蕩河洛的美夢時，盧徐二人再生事端，甚至大軍逼近建康城，劉裕只能飛馬疾馳，還好緊趕慢趕，終於是趕上了，盧徐二人尚未攻入建康，同時人心也安定了下來，但是，對於劉裕而言，危機是越來越大。因爲此時盧循已經坐擁十幾萬軍隊，佔據相當多的地盤。
當年與劉裕一塊起兵的老戰友，北府名將、撫軍將軍劉毅駐鎮姑孰(今安徽當塗)，因爲重病在身，一直沒有出兵平叛。不過現在他聽說劉裕回來了，病頓時好了大半，可不是高興的，是心裏氣得。
雖說都是北府舊將，可多年相處下來，他看着劉裕敗桓玄，平南燕，一步步稱爲國家的頂樑柱，朝堂上的第一人，心裏特別不痛快，他自認才能不在劉裕之下，功勞也不小，對劉裕很不服氣。
之前他力阻劉裕北伐南燕，也是因爲知道如果劉裕功成，就再無人能夠制衡他，如今，南燕已平，慕容超成擒，劉裕的事業和功名直上九霄，自己再不奮起直追，恐怕很快就被人們遺忘掉了。
所以，這一回，他不待劉裕有所行動，強支病體，親自率兵像盧循開戰。
可惜，此時的盧循已不是常人所能抵抗的。
劉裕得知後，不禁心急如焚，趕緊寫信給劉毅：“我以前常與賊軍作戰，深諳其作戰之術，他們新近又連連獲勝，兵鋒正銳，不可輕視。你最好等我休整好了，再一同整軍與賊開戰。”爲了成功阻止劉毅，劉裕還專門派了劉毅的堂弟劉藩前往勸諭。
但是劉毅也是一等一的豪傑，他讀完信，擲之於地，對堂弟劉藩說：“難道連你也看不出?當初平桓玄，我可是因爲謙虛才把首功推讓給劉裕的!都認爲我不如他?簡直笑話!現在就讓你們見識見識我的厲害!”
接着他自己帶着兩萬水軍從姑孰(今安徽當塗)出發，逆江西進，去戰徐道覆。
徐道覆雖不是名將，卻也通曉兵法，他聽聞劉毅前來搦戰，忙飛報盧循：“劉毅兵衆極盛，成敗之事系之於此戰，你我宜合師力摧其軍。此戰如若克捷，不憂不得天下。”
此時盧循在長沙剛剛打敗了劉裕的弟弟荊州刺史劉道規，佔了巴陵，正準備出洞庭，西征軍事重鎮江陵，以據長江上游。聽了徐道覆的報告，便舍江陵與徐道覆連旗而下，約十多萬兵將，乘千餘艘戰船，與劉毅大戰於尋陽東北的桑落洲(今江西九江附近)。
劉毅雖然對劉裕很不服，但你就是不如人家。
桑落洲一戰，劉毅大敗，其與數百人倉皇棄船上岸，僅而獲免，遺棄戰船、輜重、器械無數，物資堆積如山，盡爲賊軍所得。
唉，好不容易安定了的東晉朝廷又被劉毅軍敗的消息嚇壞了，畢竟劉毅也是北府名將，也是大佬。京師人心惶惶，惕懼異常。
不過還有個稍微好一點的消息，北伐南燕的軍隊終於趕回京師，但經過長途急行軍，疲乏不堪，且大部分都受傷染病，戰鬥力極差。而京師建康，素來易攻難守，其守軍也不過數千，大家你看我我看你，皆有畏懼之心。
與此同時，賊軍在擊敗劉毅之後，接連攻克江州、豫州二鎮，戰士十餘萬，舟車百里不絕，樓船高十二丈，極其強盛。
當初跟隨劉裕一起起事討伐桓玄的孟昶(chang，三聲)探得賊勢猖獗，舳艫蔽江，有衆十數萬，不禁魂馳魄散，想出了一條趨避的計策，拉着皇帝北上，以避盧徐。
當然了，劉裕不同意渡長江北上。
孟昶就一再堅請。
劉裕心煩得很，不由惱怒說：“如今重鎮外傾，強寇內逼，人情危駭，均無堅定的信心。如果天子北渡，那麼就會土崩瓦解，長江以北又怎麼去得了呢!即使能夠渡江北上，也只不過苟延一段時間罷了。現在士兵雖然少，卻尚可一戰。如果真能克敵制勝，那我們君臣一同慶幸，如果京城被攻破，那麼君臣同歸於盡，假如厄運一定要降臨，我必當以死來護衛社稷，橫屍宗廟，實現多年以來以身報國的志願，決不逃竄到荒草林野之間苟且偷生。我意已決，卿勿再言!”
老孟再次泣陳，還自請先死。
孟昶之所以這麼做，是因爲他有個本事，那就是對戰爭發展的分析。前面劉裕伐桓玄，平南燕，他都準確的作出了戰爭的預判，而北府名將何無忌與劉毅的失敗，他也早早的指出，這一回，他看不到朝廷的希望了，認定了賊軍一來，京師必然陷落。即便劉裕再厲害，也是巧婦難爲無米之炊。
劉裕見他這樣，也很是無語，就說道：“你先別死，看我先打一仗啊。”
孟昶知道劉裕不可能採納他的意見，於是呈上奏表，說：“劉裕北伐的時候，文武百官都不同意，只有我贊同劉裕出兵的計劃，導致強敵乘虛而入，社稷危急，這是我的罪過。現在我只有以死來謝罪。”把奏表封好後，仰藥而死。
依照老孟的預測，京師救無可救，確實，當時盧、徐幾十萬大軍摧壓而來，京師已危如累卵，而且徐道覆早已定下計劃，他和盧循兩軍合勢，利用優勢兵力從新亭(南京市西南)至白石(南京市西北)登陸，焚燒船艦，背水一戰，實施強攻，佔領石頭城，進而拿下建康。
這條計劃若是順利實施，以當時劉裕所能統帥的兵力來看，如老孟預料，確實無法抵擋，但任誰也想不到，孟昶飲藥自殺卻悄悄的改變了整個戰局!
盧循起初聽從了徐道覆的意見，將艦隊馳向新亭。
劉裕自宣佈了內外戒嚴，便發動居民修築工事，沿江置柵築壘，並將可堪戰鬥的士兵集結於石頭城，京師守備粗具。
不日，他登城瞭望，見了盧循的艦隊，不由大驚失色，汗如雨下。
可見，盧循如能將徐道覆的計劃貫徹到底，劉裕將難以招架。
起兵以來，盧徐二人接連打敗了北府兵名將何無忌和劉毅，賊人聲威大振，不過盧循昔日跟着孫恩時，被劉裕打怕了，不意聽到了劉裕已返京的消息，便有些驚慌失色，竟準備退還尋陽，改守江陵，據荊、江兩州與劉裕打持久戰，畢竟之前數次正面硬剛都沒剛過。
徐道覆是個明白人，知道萬不能讓劉裕喘過氣來，遂一再遊說盧循，這才大着膽子向建康進軍，他調軍馳赴新亭，這時候盧循突然聽到了尚書左僕射孟昶絕望自盡的消息，盧循頓時樂開了花。
他對徐道覆說：“你看，我大軍未至，孟昶就望風自裁。根據這個趨勢來判斷，敵軍不久必自相潰亂。如果決勝於一戰，既不是戰勝敵人的必勝之道，又會損傷我的士卒，不如按兵待之。”然後不等徐道覆招呼，揮軍回泊於石頭城西岸的蔡洲(今南京市西南十二里江中)。
徐道覆見盧循竟然退縮蔡洲，心裏那個氣啊：“我終爲盧公所誤，事必無成;使我得爲英雄驅馳，天下不足定也。”
劉裕一直密切關注盧循動向，當看見其船隻紛紛停泊在蔡洲，不由大爲高興，乘盧循頓兵蔡洲之機，派人廣伐樹木，在石頭城和秦淮河口等地全部立起柵欄，又在淮口築查浦、藥園、廷尉三壘，派重兵堅守。
而盧循盧老道則安心也很有耐心的等着晉軍自行潰亂，但等來等去，晉軍一掃疲態，反而還有些強盛了!盧循這才後悔先前不從徐道覆之言，立刻對晉軍展開猛攻。
可惜，戰場時機，稍縱即逝，這期間，讓劉裕不但建設好了各種軍事設施，還順利地集結起自江淮入衛的軍隊。
盧循數戰晉軍，敗多勝少，偏偏又遭暴風，戰艦吹翻不少，死者衆多。
無奈之下盧徐二人退據尋陽，準備襲取荊州，據天下三分之二，使士氣復振，再尋取機會掉頭進攻建康。
公元410年七月初十，兩人拔軍向南撤退，同時劉裕大發水軍追趕，同時又命建威將軍孫處等人率領部衆三千人從海上繞道，前去襲擊番禺。
劉裕叮囑他們說：“此賊行破，應先傾其巢窟，令奔走之日，無所歸投，非卿莫能濟事。”
盧循退敗之師，無心戀戰，沿路遭到東晉各地地方軍的襲擊，背後又有劉裕追着打，可謂苦不堪言。
他們先是在江陵被荊州刺史劉道規打得滿地找牙，被迫走還盆口(九江附近)。不久，又得知老巢番禺已被孫處等人端掉的消息，接着又在大雷(今安徽望江)遭到劉裕的縱火猛攻，退往左裏(今鄱陽湖口)，而劉裕進至左裏再擊，賊軍被殺過萬。
徐、盧兩人開始分道揚鑣，徐道覆逃返始興，盧循往番禺方向狂奔。
公元411年二月，始興被晉軍攻陷，徐道覆身死。
三月，盧循一度擺脫了追兵，圍攻孫處鎮守的番禺，連攻二十餘日不下，而晉軍已從後尾擊而至，盧循於番禺城下又損萬餘人，只得遠遁合浦(廣東合浦東北)。
孫處等人率軍攝蹤而來，盧循棄合浦走交州，一路交戰，到了交趾郡龍編縣南津(今越南慈仙、仙越地區)，終於窮途末路，盧循鴆殺妻子十餘人，投水自盡。
至此，由孫恩所興起的“五斗米教”，前後鬧騰了十一年多，終於被劉裕徹底平滅。
至此，劉裕終於不會受制於叛軍，他也開始專注於朝堂之上，看着傀儡般的司馬德宗，想想昔日的桓玄，一個大膽的想法開始萌生：這個皇帝該是我的!
