希帕提婭是席昂(Theon)的女兒，席昂身爲亞歷山大博物館(Museum of Alexandria)的最後一位研究員，既是希帕提婭的父親，也是她的導師。希帕提婭並未在亞歷山大博物館中執教，而是在自己的家中講學。約在公元400年時，希帕提婭成爲亞歷山大城中柏拉圖學派的領導者，講授數學與哲學，學生中亦有許多知名的基督徒。希帕提婭沒有肖像傳世，但在十九世紀作家與藝術家的想像中，她具有女神雅典娜般的美貌。
391年，亞歷山大城的主教提阿非羅(Theophilus)摧毀了城內的一些異教信仰中心，其中可能包括亞歷山大博物館，並確定包括了塞拉皮雍(Serapeum)神廟(這座廟宇敬拜埃及夜神塞拉皮斯，也是亞歷山大大圖書館的子圖書館)。同年，羅馬帝國皇帝狄奧多西一世(Theodosius I)頒佈禁令，禁止各種類型的異教崇拜，此後，整個羅馬帝國的基督徒都投入了打擊異教的行列，開始摧毀各種已基督教化的異教會所──儘管在禁令頒佈之前，這種現象就已經蔚爲風潮。
希帕提婭就身處於當時的“異教徒”與基督徒的衝突之間。當基督徒要求徹底夷平異教信仰，以鞏固基督教與羅馬皇帝的地位時，兩方可說已無達成共識的可能。雖身爲異教徒，希帕提婭仍受到許多基督徒的崇敬，後世的一些基督教作者甚至將她的地位提升成爲美德的象徵，常被描寫成至死仍保處女之身。《蘇達辭書》(The Suda)便是資料來源之一，《蘇達辭書》中描寫她將女性衛生用品擲向一個求愛者，藉此拒絕他的追求。但各種她身後出現的描述常互相矛盾，因此不完全可靠。
而她的同代人──基督教史學家所奎德(Socrates Scholasticus)在他的所著的《教會史》(Ecclesiastical History)當中，對希帕提婭做出如下描繪：
“亞歷山大城中有個名爲希帕提婭的女人，是哲學家席昂的女兒，她不但在文學與科學領域造詣甚深，也遠遠超越與她同代的哲學家們。她承繼了柏拉圖與普羅提納斯的學派，向聽講者闡述他們的哲學理念，許多人不遠千里而來，只求能獲得她的點撥，基於良好的教養，她有一種沉著從容、平易近人的氣質，她經常出現在公共場合、出現在當地的行政長官面前，從不因參與男人的集會而羞窘難爲情。而對於男人而言，由於她超凡的尊嚴與美德，他們只有更敬愛她。”
她的學生辛奈西斯後來成爲託珞麥斯地方的主教(Bishop of Ptolomais)，辛奈西斯對老師同樣既敬且愛，而從他寫給希帕提婭的信件中，也揭示了公元五世紀早期亞歷山大城內知識分子之間的矛盾。在某一封信中，他抱怨某些在其他領域失敗後便轉向研究哲學的人：“他們的哲學都是由非常簡單的公式組成，當他們要否定或主張什麼事情時，他們就像柏拉圖那樣說‘上帝可證’，陰影會遮蔽這些人無限上綱的論點，不過，他們仍然自負得不得了。”在這封信中，他也告訴希帕提婭“同一個人”指控他私藏“未經修訂”的圖書[2]，這暗示當時的書籍往往爲了服務基督教的教條，而被重新編寫──希帕提婭身世之神祕恐怕與此不無關係，正是因爲如此，後世才難以找到關於她生平較爲可靠、精確的線索。
