王朝源流
王朝的歷史非常瑣碎，與該王朝同時代的文獻，如賈馬爾·卡爾希(Jamal Qarshī)引用的11世紀《喀什噶爾史》，佚名撰《博格拉汗傳》(Tazkirat Bughrahan)中有些片斷講到該王朝，但這些記載帶有明顯的傳說色彩，或具有追述往事的宗教詠史詩的性質。
按回鶻語直譯，“喀喇”本意爲“黑色”“汗”即“可汗”，是古代漠北少數民族政權最高首領(君主、大王)的專稱;宋代漢文史料就曾將“喀喇汗”一詞半音半義譯爲“黑汗”或“黑韓”王朝，其實不妥。“喀喇”一詞一旦引申爲某種抽象理念時，就將被賦予偉大、廣闊、最高、強有力等最具褒獎溢美的含義(如喀喇崑崙山，就從未譯作“黑崑崙山”)。這無疑是中原漢民族文化影響的結果。古代漢民族曾將自然方位與顏色相聯繫，提出東蒼、南赤、西白、北玄之說，“玄”就是黑色。古代天文學中北方七大星宿與道教中掌管北方之神都被稱作“玄武”。與漢文化發源地黃河流域接近的我國北方草原各部族，很早就接受了這種觀念，同時又有發展，以自己所居的北方爲最尊，故而對黑色也就最崇拜，他們使用的黑色戰旗與服飾就是這種崇拜的反映。崇拜之餘，就理所當然地要爲“黑”這一單純的顏色概念賦予最高尚美好的新含義。這無疑也是民族自尊和自信的一種表現。該王朝以“喀喇汗”命名，主要是源於大量出土的王朝古幣銘文上屢屢出現這一詞彙，才由近代史學界予以統一命名的。其實當時的外文史料多稱之爲“可汗王朝”、“汗朝”、“伊利可汗朝”，波斯史料中甚至以吐蘭——突厥英雄的名字稱之爲“阿弗拉西亞勃王朝”等等，但還是以稱爲“喀喇汗王朝”最有說服力。
近年，利用錢幣銘文研究汗朝政治史，對汗朝世系和諸汗在位年代多有補正。但是，諸汗名字、稱號時時添減變換，因而難於排列出明晰的、確切的世系，喀喇汗皇室的起源問題也未解決。當前，學界有起源於樣磨(Yaghma)(公駝是樣磨部落的圖騰，同時該部佔有喀什噶爾與納倫河)、葛邏祿(qarluq)、熾俟(Chigil)、葛邏祿-樣磨等說。
諸說各有一定道理，亦可以互相補充。近年來，葛邏祿說較佔優勢，因爲喀喇汗王朝初期版圖原來主要是三姓葛邏祿的活動區域，而且喀喇汗王朝主力軍是由三姓葛邏祿之一的熾俟構成的。
但是，在9世紀上半期喀喇汗王朝建立前夕，九姓回鶻(古維吾爾族uyghur)近支樣磨部已遷入葛邏祿駐牧的部分地區，特別是佔有了喀喇汗王朝的重要中心之一，後來東部喀喇汗王朝的首都喀什噶爾。而且文獻中也有樣磨帝號爲博格拉汗(公駝汗，此爲喀喇汗的諸稱號之一)的記載，所以皇族出自樣磨說也不無根據。
另一方面，西奔的回鶻十五族(即託庫茲奧古茲tokkuz oguz 意思是九個奧古孜 是 古代維吾爾族的九個部落)也溶入喀喇汗王朝。《突厥語大詞典》的作者馬赫穆德·喀什噶裏即出身於喀喇汗王朝的皇室，但據他稱喀喇汗的皇室是阿弗剌昔牙卜的後人。並在其書中指出，回鶻人在高昌一帶(唐西州治下，即高昌回鶻)生活，信仰佛教，並收錄有當時的詩歌，提到回鶻人時說他們是兇惡的異教徒。但對於回鶻與喀什噶爾的喀喇汗王朝之間的關係並無隻言片語的記載。
建國
王朝的建立時間至今仍然不清楚，大致是在公元九世紀中葉前後。
傳說開國者是薩圖克·博格拉汗之祖毗伽闕·卡迪爾汗。有人認爲，這是回鶻汗國(orhun uyghur hanliki)(840年)滅亡後，龐特勤率領部落向西投奔葛邏祿後即可汗位的名稱。
他建牙帳於楚河上游的巴拉沙袞，號稱虎思斡耳朵(今吉爾吉斯斯坦共和國楚河州托克馬克境內的布拉納城)。喀喇汗王朝早期領土僅限於七河地區，以後又歸併了伊犁河谷、費爾干納和喀什噶爾地區。
伊斯蘭教立國
王朝建立之初並非伊斯蘭國家，與突厥汗國、回鶻汗國等遊牧汗國類似，他們最初是薩滿教教徒與拜火教教徒，也有一些摩尼教徒與佛教徒。第一位改宗伊斯蘭教的大汗是第三任大汗薩圖克·博格拉汗。
毗伽闕·卡迪爾汗去世後，長子巴茲爾繼承汗位，爲阿爾斯蘭汗，治巴拉沙袞;次子奧爾古恰克稱博格拉汗(卡迪爾汗)，治恆邏斯(今哈薩克斯坦江布爾)。奧古爾恰克時期，同波斯薩曼王朝展開過激烈的鬥爭。公元893年，薩曼皇帝伊斯瑪儀·本·馬赫穆德攻破恆邏斯，奧古爾恰克的1萬名戰士陣亡，他的妻子和1.5萬人被俘。奧古爾恰克被迫遷都喀什噶爾，繼續同薩曼王朝進行鬥爭。奧古爾恰克曾經按操突厥語族語言的各遊牧部落的傳統，在其兄巴茲爾死後續娶他的妻子，並收留了兄長的兒子，此人就是後來著名的薩圖克·博格拉汗。
爲了和薩曼王朝鬥爭，奧古爾恰克庇護從河中地區出逃的一位王子納賽爾·薩曼尼，讓他住在阿圖什。薩圖克在此人的勸導下，皈依伊斯蘭教，祕密發展自己的力量。巴茲爾去世沒有傳位於其子，而傳位於其弟奧爾古恰克。奧爾古恰不欲帝位按傳統傳給侄子也就是巴茲爾之子薩圖克。因此，薩圖克在河中地區伊斯蘭教聖戰者的支持下，打敗並殺死其叔父奧古爾恰克，奪取了政權，稱博格拉汗。不久，他在穆斯林信徒的支持下，從薩曼王朝手中奪回恆邏斯，隨後攻佔巴拉沙袞，基本確立了對塔里木盆地西部、費爾干納地區和七河流域的統治。
受薩曼王朝穆斯林的影響，薩圖克早年就歸信了伊斯蘭教，成爲一位虔誠的穆斯林。並且在其影響下，屬下信教一些王室成員也改宗伊斯蘭教。由於改宗伊斯蘭教，薩圖克得到了汗國西部穆斯林及本國穆斯林的支持，實力大增，因此引起與叔叔奧爾古恰克的警惕。
隨着實力的增加，薩圖克也有了奪回帝國的野心。公元915年，在自己經營多年的古拉姆近衛軍，以及薩曼王朝穆斯林的援助下，他以武力從信仰薩滿教的叔父手中奪取了政權。奪位之後，薩圖克自稱蘇丹·薩圖克·博格拉汗，宣佈伊斯蘭教爲國教，在國內推行伊斯蘭教。並且按波斯伊斯蘭國家模式建立了伊斯蘭教法統治，創建官僚隊伍與管理機構，設立宗教法庭，宗教領袖在國家政治生活中享有重要地位，宗教學者隊伍日益擴大，寺院經濟大量發展。
薩圖克去世後，其子穆薩(巴依塔什)繼位，稱阿爾斯蘭汗，駐喀什噶爾。薩圖克的次子、木薩的弟弟蘇萊曼治巴拉沙袞。在蘇菲派教士的幫助下，穆薩實現了王朝的伊斯蘭化。公元960年，穆薩宣佈伊斯蘭教爲國教，20萬帳突厥人入教。從此正式開始了第一個突厥語民族伊斯蘭王朝的歷史。
穆薩統治時期，繼續大力推行伊斯蘭教法統治，在王朝各地普遍設立宗教法庭，建立清真寺、經文學校和麻扎，今喀什皇家經學院的遺址還爲當地人所共知。
對外擴張
薩圖克·博格拉汗奪位之後，立即採取了幾項措施，第一，放棄傳統的貴族世襲官制，採用軍功授官方法;第二，取消將王朝領土作爲家族財產分封的做法;第三，廢除由舊貴族主導的地方政治，改爲由大汗派出的機構與官僚，由汗室與中央統一管理。但卻爲駐巴拉沙袞的頑固派貴族所反對。薩圖克即對頑固派用兵，打敗了頑固派貴族集團，一統王朝。
在統一內部之後，即把矛頭針對境外。第一個便是西部的薩曼王朝(819～999)。之前在奧爾古恰克時期，薩曼王朝於893年奪取了喀喇汗王朝的重鎮怛羅斯，迫使奧爾古恰克將政治中心遷至喀什噶爾。薩圖克出兵薩曼王朝，一舉收復怛羅斯。喀喇汗王朝並沒有停止對薩曼王朝的用兵，但由於此時的薩曼王朝十分強大，所以喀喇汗王朝沒有取得更大的戰果。
十世紀末，薩圖克·博格拉汗之孫哈侖·博格拉汗駐八剌沙袞，阿里·阿爾斯蘭汗駐喀什噶爾，此時的喀喇汗王朝經過幾十年的經營，實力大爲增強，而薩曼王朝由於統治階級爭權奪利而逐漸趨於削弱，在這種有利條件下，阿里·阿爾斯蘭汗與哈侖·博格拉汗率領15萬大軍進軍河中地區，喀喇汗軍隊所向披靡，於992年攻陷其都城布哈拉。不久。博格拉汗·哈桑身染重病，錫爾河下游的土克曼人也向喀喇汗王朝的軍隊進攻，於是他決定撤軍，死於返回巴拉沙袞的途中。喀喇汗王朝的烏茲幹統治者阿爾斯蘭伊利克(獅子王)納賽爾(阿爾斯蘭汗阿里之子)繼續博格拉汗·哈桑征服河中地區的事業。999年，他聯合今阿富汗境內的另一突厥王朝——加茲尼王朝(962～1186)的君主馬赫穆德共滅薩曼王朝，俘虜皇帝馬利克二世，從此喀喇汗王朝據有阿姆河以北中亞地區。納賽爾在布哈拉留置總督後，也返回自己的封地首府烏茲幹。
此外，他也以聖戰爲名，開始對東方的于闐王國發起了聖戰。于闐王國位於汗國的東部，是當時一個較爲強大的佛教國家。喀喇汗王朝對於闐用兵，以聖戰爲號召，得到了西亞穆斯林的大力支援。而於闐王國除了得到高昌回鶻、歸義軍、甘州回鶻等的支援外，基本上處於孤立地位。
雖然得到支援，但是王朝對於闐的用兵並不十分順利。戰爭初期，于闐方面佔據優勢，雙方在今喀什、英吉沙、莎車三地之間展開激戰。970年前不久，于闐王尉遲輸羅(Vi?a Sura，即李從德)率軍進佔喀什噶爾地區的數座城池，取得大勝，戰利品中除婦孺金帛外，還有大象等戰利品，並且在993年、998年，于闐軍趁喀喇汗軍隊主力進攻波斯的機會，大舉圍攻喀什噶爾。雖然這兩場戰役最終以于闐軍慘敗告終，但他們於998年在英吉沙附近擊斃了阿里·阿爾斯蘭汗。在消滅薩曼王朝之後，喀喇汗王朝對於闐的用兵堅持不懈，公元999年，來自布哈拉的四位伊瑪目，率領從加茲尼、巴格達、花拉子模等地招募而來的志願軍，配合優素福·卡迪爾汗所率領的喀喇汗主力，在當年年底一舉攻克于闐城，迫使于闐王率領殘餘部隊退至崑崙山區，雖然喀喇汗軍在策勒波斯坦鄉遭受到一次大敗，但仍在1004年後不久，時爲大汗的優素福·卡迪爾汗(蘇萊曼之孫)滅于闐，戰爭歷時40年。王朝達到極盛。
11世紀初，喀喇汗王朝鎮壓了薩曼王族阿卜·伊卜拉欣·伊斯瑪儀領導的反抗運動;又兩次越過阿姆河，進攻突厥人加茲尼王朝，但以失敗告終。雙方以阿姆河爲界，平分了薩曼王朝原有的疆域。至此，喀喇汗王朝對外擴張基本停止下來。
達到鼎盛
1004年，滅于闐國，和田地區盡爲喀喇汗王朝所轄，不久，喀喇汗王朝同自己的同族兄弟——高昌回鶻發生戰爭，喀喇汗可汗阿赫馬德·託幹汗率軍數次擊敗高昌回鶻，此時的高昌回鶻也擁有強大的國力，並與遼朝保持着友好關係，面對喀喇汗軍隊的進攻，高昌回鶻在組織武力抵抗的同時，也在策動遊牧民族夾擊，在遼國的默許之下，來自蒙古高原的3萬帳(一說30萬帳)“異教遊牧部落”(這些遊牧部落主要是契丹人，以及尚未伊斯蘭化的突厥人)大肆進入喀喇汗王朝的邊境，阿赫馬德.託幹汗擊潰了這些遊牧部落的侵襲，並將他們牢牢地拴在阿力麻裏、葉密立等地的草原。
喀喇汗王朝的邊界在此時推進到了阿克蘇地區的庫車，此時的汗朝儼然中亞帝國，甚至成爲與當時的遼朝不相上下的世界性帝國之一。汗朝的疆域，東起阿克蘇地區的庫車，西至鹹海附近的乾草原地區，南鄰阿姆河、噴赤河、喀喇崑崙山與崑崙山脈，北抵巴爾喀什湖、伊犁河河谷與七河流域的草原，東南直達羅布泊沙漠地帶，其疆域在國內，囊括今天新疆省的巴音郭楞蒙古自治州、伊犁哈薩克自治州、伊寧市、阿克蘇地區、阿拉爾市、和田地區、喀什地區、圖木舒克市、克孜勒蘇柯爾克孜自治州，在國外，囊括哈薩克斯坦共和國、烏茲別克斯坦共和國、吉爾吉斯斯坦共和國、塔吉克斯坦共和國。汗朝擁有一支以重騎兵爲主的強大軍隊，既有中央汗庭訓練的“古拉姆”近衛軍，又有地方伊克塔軍事地主組成的封建騎兵。在七河流域與伊犁河河谷興建了大批新興城市，大批突厥語民族由遊牧轉入定居，經濟文化非常發達。
王朝的分裂
阿爾斯蘭·伊利克納賽爾征服河中地區後，在卡迪爾汗·玉素甫爲王朝大汗時，哈桑的幼子、玉素甫的兄弟阿里特勤成爲河中地區的統治者，自稱桃花石·喀喇汗。他死後，兒子玉素甫繼位。1038年，曾征服河中地區的納賽爾的兒子伊卜拉欣從玉素甫的囚禁中逃脫，招募軍隊，同玉素甫爭奪河中地區。經過兩年多的戰爭，伊卜拉欣攻下布哈拉，控制了整個河中地區。
經過100多年的政治演變，喀喇汗王朝汗桃花石族的兩大系已完全形成，即長支阿里系和幼支哈桑系。起初，王朝的統治權控制在阿里系手中，但玉素甫卡迪爾汗佔領喀什噶爾後，王朝的統治權轉到哈桑系手中。1041年伊卜拉欣用武力奪取布哈拉後，阿里系控制了河中地區，而哈桑系只控制王朝東部。伊卜拉欣自稱桃花石·博格拉·喀喇汗，完全獨立自主，不承認東部喀喇汗爲宗主。於是在中亞地區形成了完全平行的兩個獨立王朝——東部喀喇汗王朝和西部喀喇汗王朝。
大約自1041年起，喀喇汗王朝正式分裂爲二，西汗爲阿里後裔，通稱阿里系，領有河中地區及費爾干納西部，以撒馬爾罕、布哈拉爲都城;東汗爲哈侖·卜格拉汗後裔，通稱哈侖或哈散系，領有怛邏斯、白水城、石城、費爾干納東部、七河流域和喀什噶爾，以八剌沙袞爲政治、軍事都城，以喀什噶爾爲宗教、文化中心。
1089年塞爾柱王朝攻下布哈拉，西部喀喇汗王朝從此在政治上成爲塞爾柱王朝的附庸;東部喀喇汗王朝在1130年，也曾一度表示臣服於塞爾柱王朝。
1124年，遼國滅亡，遼國貴族耶律大石帶領少量部衆逃亡至東喀喇汗汗庭請求避難，不料此時的汗朝自顧不暇，耶律大石遂聯合那3萬帳“異教遊牧部落”，駐紮葉密立，開始發展自己的勢力。
1134年，東部喀喇汗王朝大可汗伊卜拉欣同葛邏祿首領和康裏首領不和，發生衝突，請求耶律大石出兵支援。耶律大石趁機發動政變，佔領巴拉沙袞，作爲自己的都城，把東部喀喇汗王朝降爲附庸，從此東部喀喇汗王朝的轄地只有喀什噶爾、阿克蘇與和田地區。
西王朝從11世紀末、12世紀初起，已受塞爾柱突厥王朝(1038～1194)之挾制，1137年西遼在和氈擊潰西部喀喇汗王朝的軍隊。1141年九月九日，塞爾柱王朝與西遼王朝在卡特萬草原上進行了歷史上著名的會戰。耶律大石協同後遼上將魏振興指揮東喀喇汗以少勝多，塞爾柱王朝慘敗，結果退出了河中地區，西部喀喇汗王朝改換宗主，仍以附庸形式保存下來。
由於以耶律大石爲首的西遼國靠政變登上了中亞舞臺，對原汗朝各個地區的統治比較微弱，部分地區更是政令不通，所以從西遼時期起，西遼國開始將東、西喀喇汗與葛邏祿自治區分而治之，分別派駐不同的監察官，西遼政權直接佔據八剌沙袞附近，葉密立附近又出現半獨立的政權，汗朝逐漸失去了七河流域與伊犁河流域。汗朝也逐漸由一個(兩個)相對統一的王朝，演變爲多個政權組成的鬆散聯合體。
從12世紀中期開始，汗朝各地派駐的長官紛紛獨立，與西遼分庭抗禮。12世紀末期，一個名叫斡匝兒的葛邏祿響馬佔據了汗朝的阿力麻裏，建立起小汗國，不久，另一個名爲阿爾斯蘭的葛邏祿人佔據海押立，對抗西遼。汗朝遂徹底失去伊犁河流域。
王朝滅亡
東喀喇汗王朝成爲西遼王朝的附庸之後，王朝的首領伊卜拉欣於1158年被西遼王朝派往河中地區幫助西喀喇汗王朝鎮壓叛亂的葛邏祿人。根據史料，東部喀喇汗王朝的首領又恢復了汗的稱號。繼伊卜拉欣統治的是其兒子穆罕默德，之後是孫子玉素甫。玉素甫在1205年死於喀什噶爾，其子穆罕默德繼位。在穆罕默德統治時期，宗主西遼王朝政局已很不穩定，附庸國或獨立，或轉投成吉思汗。穆罕默德汗被西遼王朝囚禁於巴拉沙袞。1211年，乃蠻王子屈出律取代西遼末帝直魯古的統治，放穆罕默德汗回喀什噶爾，但是喀什噶爾貴族們並不歡迎穆罕默德汗，當他入城時被刺死於城門中，東喀喇汗王朝滅亡。
西遼王朝歸併河中地區後，封伊卜拉欣爲桃花石汗，作爲自己的附庸。在他統治時期，西喀喇汗王朝與葛邏祿軍事首領之間繼續鬥爭。1156年，桃花石汗伊卜拉欣與葛邏祿軍事首領艾亞爾伯克在飢餓草原會戰，汗戰敗被俘遭殺，暴屍於草原。繼之登上汗位的是阿里，稱恰格雷汗。從此西喀喇汗王朝的統治權又轉回哈桑系手中。阿里是東喀喇汗王朝的烏茲幹領主。恰格雷汗阿里於1158年殺死葛邏祿大首領比古汗，比古汗的兒子們逃往花剌子模。花剌子模沙鼓動並支持流亡的葛邏祿人進犯河中地區。最後，經宗教界人士調解，雙方訂立和約。西遼王朝認爲攜帶武器的葛邏祿人始終是河中地區不安定的因素，決心予以徹底剷除。1164年，承天太后普速完命令西喀喇汗王朝把布哈拉和撒馬爾罕地區的葛邏祿人遷往喀什噶爾地區，他們到那裏後不準再攜帶武器，要從事農業或其它勞動。此舉引起葛邏祿人暴動，他們聯合起來，向布哈拉進軍。布哈拉地方長官用談判穩住葛邏祿人，使他們失去警惕。喀喇汗王朝的軍隊突然到達，葛邏祿人措手不及，遭到毀滅性的打擊。從此，葛邏祿人在河中地區的勢力衰落，再沒有同喀喇汗王朝發生大的衝突。此後西喀喇汗王朝汗位更替頻繁，13世紀初，末代君主奧斯曼即位時，汗權已經十分衰弱了。1206年，布哈拉城爆發了手工業者桑賈爾領導的反對宗教封建主的市民起義，給教團勢力以沉重打擊。原本臣屬於西遼的花剌子模國王摩訶末早已對河中地區虎視耽耽，一直在尋找時機。他認爲桑賈爾起義是征服這一地區的最好時機，於是率領大軍直取布哈拉。摩訶末很快攻下了布哈拉，把桑賈爾投入河中淹死，殘酷地鎮壓了這次人民起義。摩訶末爲了“和平”佔有整個河中地區，便暫時與西喀喇汗王朝結成同盟。此舉遭到西遼的強烈反對，出兵打敗了花剌子模與西喀喇汗王朝的聯軍。摩訶末逃回花剌子模後，西喀喇汗王朝首領奧斯曼又轉向西遼王朝，並向皇帝直魯古的女兒求婚，但遭到拒絕。奧斯曼受辱後又轉向花剌子模方面，並承認摩訶末爲自己的宗主。這引起西遼王朝的再次出兵，攻佔了撤馬爾罕。但是此時西遼的東部發生了比這更爲嚴重的叛亂——乃蠻王子屈出律起兵騷擾各地，直魯古不得不從撒馬爾罕撤兵，返回東部。花剌子模摩訶末利用這一時機，再次率軍進入河中地區，在奧斯曼的歡迎下進駐撒馬爾罕。成爲花剌子模的屬國後，奧斯曼處於花剌子模駐撒馬爾罕總督的有力控制之下，完全失去自由，西喀喇汗王朝人民則遭受到更爲殘酷的剝削。1212年，河中人民不滿花剌子模王朝的盤剝，舉行起義，奧斯曼汗支持這一行動。摩訶末率軍鎮壓，攻破撒馬爾罕城，處死奧斯曼汗，西喀喇汗王朝滅亡。
