在中醫方劑中“小柴胡湯”是一味和解少陽，治療少陽的常用方藥。關於其起源和傳說，和朱肱也有着密不可分的傳說：傳說朱肱在南陽行醫時，太守盛次仲患病召他診治，經過診斷之後，便給開了“小柴胡湯”的藥方，並叮囑服用三副就可治癒。因爲當時“小柴胡湯”已經是世人悉知的名方了，朱肱就沒有具體的再寫什麼。但是到了深夜，病人家屬來找朱肱，說服藥之後不僅沒有見輕還出現了腹脹滿的症狀，朱肱便急忙再去複診，檢查了一下發現給病人服的藥居然是“小柴胡散”的不是說的“小柴胡湯”，他當即指出：湯劑和散劑效用是不同的，湯劑能通過經絡快速取效，散劑，則藥滯於膈上，故有胃滿之症狀。他便親自操作煎藥，二劑之後病人痊癒。
朱肱巧用小柴胡湯的事蹟爲醫林留下思接千載的佳話，而朱肱其人其學，也以其穎異不凡而盛負重名。
朱肱的著作在宋代即揚厲於世，達到“至知有活人書，而不知有長沙之書也”，清代醫學家徐靈胎在《醫學源流論》中評曰：“宋人之書，能發明《傷寒論》，使人有所執持而易曉，大有功於仲景者，《活人書》爲第一。”其友人張蕆將華佗讚揚仲景“活人”之語，用以名朱肱之書，正是名至實歸。朱肱在傷寒領域的成就一直受到歷代醫家的推崇。
朱肱治傷寒有較高造詣。他採用綜合分析的方法，用“經絡說”解釋六經方證發生與演變的機理;主張脈證合參辨別病證表裏虛實陰陽的性質;誇大病證的鑑別診斷，熟悉到辨病與辨證相輔相成，並開創了以方類證，以證論方的先河;指出遣方用藥須方證相合，將藥合病，靈活加減。不可執方療病。同時還大量補充了仲景方藥等。朱氏能融會貫通《傷寒論》的精義，深進淺出地闡明其理法方藥，使之明白易曉。推廣使用，並知其所長，補其不足，爲發展仲景學說作出了一定貢獻。
